为防范权力运行风险,财政部于2012年发行《行政事业单位内部控制规范》作为我国行政事业单位内部控制建设的纲领性文件。随着高等教育的蓬勃发展,我国高等院校作为事业单位,有必要逐步建设具有自身特色的内部控制制度。在内部控制业务层面的实践中,除预算、资产、收支、采购、合同与基建六大基本业务外,高校所特有的部分业务如科研、招生、教学等等,依然存在较多风险点。2016年,财政部要求各行政事业单位开展内部控制基础性评价工作,其目的在于“以评促建”,了解各单位内部控制建设现状及问题。笔者以此为契机,参与了N高校内部控制建设项目,并基于六大基本业务,对科研项目管理特色业务内部控制进行了重点研究。本文采用文献分析法、案例研究法、访谈研究法,以COSO基本理论、《行政事业单位内部控制规范》《关于全面推进行政事业单位内部控制建设的指导意见》以及相关法律法规为基础,对N高校科研项目管理内部控制制度和业务流程存在的风险点逐一分析,并提出了相应的优化方案。在案例介绍部分,本文先介绍了N高校的组织架构及职责分工现状等基本情况,再从制度层面、业务流程层面、评价监督层面、信息系统层面多角度详细介绍N高校科研项目管理内部控制现状。在案例分析部分,本文从内部控制五要素出发,结合访谈资料对N高校科研项目管理内部控制存在的问题进行了深入挖掘。其中控制环境方面,着重分析N高校总体内部控制制度问题、内部控制岗位设置问题;风险评估方面,着重分析N高校的风险评估质量问题;控制活动方面,着重分析N高校科研项目管理内部控制,其项目申请、项目立项、项目结题验收、科研设备采购、科研外协管理等具体环节存在的问题;信息沟通与交流方面,着重分析N高校科研项目库动态管理、信息系统建设问题;对控制的监督方面,着重分析N高校科研项目绩效评价、内部控制评价机制存在的问题。在优化方案部分,本文提出了切实可行的解决方案或流程图,用以改善N高校科研项目管理内部控制现状。重点优化的方案有科研项目如何进行预算调整、如何对科研项目进行绩效评价、单一来源采购流程优化等等。在结论与展望部分,本文通过对N高校的优化建设经验进行总结,以期能够对高校科研项目管理内部控制提供借鉴意义。但限于个案研究以及校方提供资料有限,本文主要研究N高校基本科研业务费项下的科研项目管理,其他类型的科研项目管理有待进一步的研究讨论。