新三板分层制度政策在2016年6月27日实施,该政策的实施对新三板市场股票的波动性及与沪深股市市场间波动溢出效应产生了影响。研究分层制度背景下新三板市场与沪深市场间波动溢出效应,有助于投资者优化投资组合并且对于未来完善我国金融市场的稳定性研究具有重要意义。所以本文分别选用了GARCH-M和BEKK-GARCH计量方法分析分层制度实施前后,新三板股价波动性及新三板市场对沪深主要股票市场波动溢出效应的变化情况。文中先使用三板做市指数2015年1月5日至2018年9月28日期间的股价为样本,进行平稳性检验和自相关性检验,进而进行GARCH-M的实证分析研究股价波动性。然后使用三板成指代表新三板市场、创业板指数代表创业板、沪深300指数代表主板市场、中小板指数代表中小板市场研究波动溢出效应,样本选取时间段为2015年1月5日至2018年9月28日,利用如上五个指数的收益率数据,进行ARCH效应检验、建立GARCH模型、运用BEKK-GARCH模型测算三板成指与沪深股市各指数之间的波动溢出情况。研究结果表明:分层制度实施后,显著降低了新三板市场的风险波动性,同时减弱了其与沪深股市之间的波动溢出效应。最后,本文结合实证结果,对新三板市场如何更好发挥分层制度的制度效果提出建议。