在现代企业两权分离制度下，由于信息不对称的存在，企业存在严重的委托代理问题，这一问题直接导致经营者通过左右公司的经营决策来为自己谋取私利，这就对股权投资者的利益带来了侵害，而我国目前在股东权益保护措施方面做得还不够完善，从公司层面来看，我国上市公司总体治理水平偏低，股东权益保护问题是公司治理的核心问题之一，也是公司治理所要实现的基本目标。本文通过实证研究试图寻找支持独立审计能够降低股权代理成本和提高代理效率的证据，在独立审计对股权代理成本控制作用分析中，提出两个衡量标准，一个是提高代理效率、另一个是降低代理成本，将管理费用率作为股权代理成本的观察变量,将资产周转率作为代理效率的观察变量，检验独立审计是否具有降低股权代理成本、提高代理效率的作用。目前我国上市公司中普遍存在为了寻求高质量的审计而支付高额审计费用去聘请国内外知名会计师事务所的现象，那么这些审计费用真的值得付出吗，本文选取沪市A股三年数据作为样本来实证分析并找出答案。在研究独立审计对股东权益保护效果的分析中，审计意见类型是一个重要的影响因素，当公司的委托代理冲突较严重的时候，从经营者来讲被出具非标准审计意见的可能性增大，因此会减少对股东权益的侵害行为。从我国目前上市公司股东权益保护现状来看，董事会规模以及独立董事比例均是影响股权代理成本的重要因素，虽然这属于公司内部影响股东权益保护效果的因素，但以往的研究并没有从实证角度加以论述证明，本文通过选取样本进行了线性回归分析得出董事会规模具有监督经营者保护投资者的作用，可独立董事制度由于在我国尚未成熟，董事成员的独立性难以保证，因此并没有对股权代理成本形成显著性影响。本文通过SPSS实证分析得出审计意见类型与股东权益保护效果存在显著性正相关，即非标准审计意见能够有效降低股权代理成本、提高代理效率，从会计师事务所规模来看，国际知名会计师事务所并没有提供显著优于国内知名会计师事务所的保护效果，不过知名会计师事务所可以带来显著的声誉效应，从而在实证中为独立审计能够有效保护股东权益提供了证据并找出影响因素的线性关系。从结论上来说，政府应多鼓励中小事务所的发展，同时知名事务所应努力提高自身审计质量，建立声誉效应。