论文从财产权利位阶体系角度对塔里木河流域的水权概念进行了界定，分析了水权的主体客体、权利构成、性质和类别。塔里木河流域的水权配置分为初始配置和再配置两个阶段。探讨了两个阶段水权配置模式的选择。分析了影响水权配置制度选择的因素和水权配置制度的价值。在分析水资源所有权制度与水权制度构成的基础上，提出了塔里木河流域两个阶段的水权配置制度建设框架。在评价现有水量分配方案和构建水权初始配置四级层次架构基础上，研究提出了塔里木河流域一级～四级水权初始配置的程序，构建了AHP与TOPSIS法相结合的初始水权配置模型，以塔里木河流域一级水权的初始配置为例进行了模型求解。论文评价了塔里木河流域水权再配置的两例：基于水量分配方案的适时调度和水权临时性调整。通过总结“年计划—季调控—月调节—旬调度”的适时水量调度管理流程，得出基于水量分配方案的适时调度是一个日趋完善的水权行政调配系统。在分析水权临时性调整的概念、特征、情形和类型基础上，剖析了塔里木河流域典型的水权临时性调整情形——生态应急输水成功实施的因素及输水存在的不确定性，提出了恢复绿色走廊的对策。在分析塔里木河流域水权市场的作用、特征、建立条件基础上，构建了塔里木河流域水权市场四个层次的空间结构，提出了组建塔里木河流域水权市场主体结构、管理机构和运行结构的设想。