党的“十八大”指出，我国要实施科技创新驱动发展的战略，并且把科技创新摆在国家发展全局的核心位置。在我国落实科技创新驱动发展战略的过程中，高新技术企业已经成为科技创新和提高生产力与综合国力的排头兵。近年来，国家加大了对高新技术企业的投入，高新技术企业呈现出较快的发展速度。但由于我国高新技术企业起步较晚，同时由于高新技术企业本身所具有的“研发费用支出高、智力资本成本高、市场竞争风险高”的特征，使得高新技术企业在发展的过程中面临较大的风险。当今世界国际局势风云变幻，金融危机时刻可能卷土重来，科技的迅猛发展更是加剧了高新技术企业财务危机发生的可能性，我国的高新技术企业正处于转型期,在国际市场的竞争能力不强，其成活率远远低于其他传统企业。因此，如何识别高新技术企业所出现的财务问题，有效的控制和降低高新技术企业的财务风险，提高高新技术企业财务警惕性显得尤为重要。本文根据财务预警基本理论体系与高新技术企业发展中存在的问题分析出高新技术企业产生财务危机的过程，同时构建出全面的高新技术企业财务预警指标体系，包括定量的财务指标和定性的非财务指标，定量的财务指标又分为反映传统的偿债能力、营运能力、盈利能力、成长能力、现金流动能力五大能力指标和反映高新技术企业行业特征的研发能力指标。在此基础上建立了基于因子分析和数据包络分析法下的高新技术企业财务预警模型，选取了沪、深股市上市的60家高新技术企业进行实证分析研究。实证研究表明，构建的因子分析和数据包络分析法的财务预警模型具有一定的预测性，同时提出了高新技术企业防范财务危机的措施，最后总结了本文的研究不足与展望。