中国海关实施由中央到地方的三级垂直领导体制,自上而下分别为海关总署、直属海关、隶属海关。这其中直属海关作为海关总署派驻到各省级地方政府组织机构,领导下属各隶属海关依法行使辖区内进出境监督管理职权,在海关三级垂直管理体制中起着中间枢纽作用。各直属海关与驻地地方政府的关系,是作为单一制国家的中国,在处理中央和地方之间关系的一个重要方面,也是当前我国作为纵向关系的中央垂直管理部门和横向关系的地方政府在海关领域的具体体现。建设海南自由贸易港,离不开作为驻地直属海关的海口海关与海南省级政府的密切配合,如何协调优化二者之间关系,形成建设自由贸易港整体合力,需要结合自贸港建设发展实际研究破解当前直属海关与地方政府关系中面临的诸多困境。本文在现有研究成果基础上,深入分析海南驻地直属海关与地方政府之间关系存在的问题,研究提出自由贸易港建设背景下优化二者关系的政策建议。具体而言,本文从海关垂直管理体制入手,根据海关与地方政府之间因需求程度和依赖程度不同形成的4种关系模式,在总结改革开放以来海南直属海关与地方政府发展关系变化历程基础上,深入分析当前海南直属海关与地方政府关系现状、存在的问题及原因,并结合海南自贸港建设形势,研究提出优化海关部门与地方政府之间关系的政策建议。论文采取文献研究、历史研究、定性研究、案例研究等方法,重点在海关垂直管理机关形成历程、现状及海关与地方政府关系形成机理方面,做了大量文献参考和梳理,并着重探究了海南直属海关与地方政府之间存在的关系模式、关系现状、主要问题以及在自由贸易港建设背景下应如何优化二者之间的关系等问题。与已有研究相比,本文首次将研究的视角聚焦海南自由贸易港驻地直属海关与海南地方政府之间的关系,着重对二者关系的现状、影响因素、不同时期的关系模式进行了深入研究和分析,并结合自贸港建设形势,着重探讨了自贸港背景下直属海关与地方政府关系优化的路径措施。本文认为,海南自贸港直属海关与地方政府关系与其他地区处理类似关系有较大不同,在自贸港背景下具备优化调整二者关系的基础和条件,可以探索从做好二者关系立法、破解职责同构问题、完善相互权力监督等多种路径,为处理好垂直管理部门与地方的“条块”关系提供方法借鉴。