随着经济全球化的快速发展，各国之间的竞争转变为科技创新的竞争。生物医药行业属于知识密集型产业，不仅关系到人类的生命与健康，还关系着国家和区域经济的发展水平。生物医药行业的竞争成为了世界各国新一轮发展竞争的主要着眼点。我国“十二五发展规划”也明确指出要把生物医药产业列为我国七大战略性新兴产业之一。各级政府也越来越重视研发投入的重要性，出台了一系列政策鼓励企业进行创新活动。但由于我国会计准则披露制度的不完善和资本市场的不健全，研发投入不足仍然是制约我国生物医药行业发展的关键因素。　　本文以上海证券交易所和深圳证券交易所上市的生物医药板块的51家上市公司为研究样本，采用了2007年到2011年五年的数据资料，运用因子分析、描述性统计分析与线性回归分析的统计分析方法，对我国生物医药行业上市公司研发投入对企业产出水平、成长能力和盈利能力的影响分别进行研究。以改进的C—D生产函数模型为基础，提出研发费用的投入产出模型，得出了研发投入对医药行业上市公司绩效具有正相关影响，且其滞后效果明显的结论。并针对我国医药行业研发投入的现状提出相关的改善建议。