胃癌相关长链非编码RNA ALOX12P2的初步筛选研究

来源 :成都医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:maomao1t
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
研究背景与目的:本研究初步筛选了4个可能对胃癌有潜在功能长链非编码RNA(Long noncoding RNA,Lnc RNA),探究其在胃癌中的表达情况及其临床和预后意义,同时通过生物信息学分析并预测其可能的调控机制,为下一步深入研究做准备。材料与方法:(1)基于前期基因芯片的结果,筛选出在胃癌组织中表达有差异的4个Lnc RNA(TMEM191A,CYP4A22-AS1,ALOX12P2,BOLA3-AS1),通过80对胃癌组织和配对的癌旁正常胃组织进行实时定量荧光PCR(Real-time quantitative PCR,RT-q PCR),验证4个Lnc RNA的相对表达水平差异。(2)获取癌症基因组图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)胃癌项目(TCGA-STAD)的RNA测序(RNA-seq)和临床病理预后数据,分析验证这4个Lnc RNA的表达差异;同时分析四种Lnc RNA与胃癌病人临床病理特征的相关性;构建受试者工作特征曲线(Receiver operating characteristic curve,ROC),预测其诊断胃癌的潜在作用价值;绘制生存曲线,分析4个Lnc RNA相对表达水平与胃癌患者生存预后的关系。(3)根据我们中心80例胃癌病例数据,进一步分析验证4个Lnc RNA的表达水平与胃癌患者临床病理特征的相关性。(4)最终根据以上结果,我们选择了最有可能对胃癌发生发展存在潜在影响的ALOX12P2进行进一步研究。首先,进行Cox单因素和多因素回归分析,探寻其可能影响胃癌生存预后的独立危险因素。其次,通过富集分析挖掘ALOX12P2可能参与胃癌生物学过程有关的信号通路,RT-q PCR分析ALOX12P与Wnt3a的表达作用关系,Spearman相关性分析明确两者之间的相互作用关系。然后,在线工具ENCORI用于分析ALOX12P2在胃癌中可能参与调控的分子靶点,同时利用GEPIA在线数据库分析ALOX12P2和转录因子7样2(Transcription factor 7-like 2,TCF7L2)的相互关系,预测ALOX12P2调控胃癌可能分子机制。结果:(1)80例胃癌组织和癌旁组织RT-q PCR结果显示:TMEM191A,CYP4A22-AS1,BOLA3-AS1在胃癌组织中相对表达水平降低,ALOX12P2在胃癌组织中相对表达水平升高。(2)基于TCGA数据库分析:a)TMEM91A和CYP4A22-AS1在胃癌组织中相对表达水平升高,与RT-q PCR结果相反;ALOX12P2在胃癌组织中相对表达水平与RT-q PCR结果一致,且都为升高;BOLA3-AS1在胃癌组织与癌旁组织表达水平没有差异。b)ALOX12P2的表达水平与疾病特异性生存(Disease specific survival,DSS)和无进展期(Progress free interval,PFI)存在负相关;TMEM191A的表达水平与各项临床预后资料都无相关性;CYP4A22-AS1的表达水平与总体生存率(Overall survival,OS)正相关,但与TCGA数据库CYP4A22-AS1在胃癌组织中高表达不符合;BOLA3-AS1的表达水平OS,DSS负相关,但与TCGA数据库BOLA3-AS1在胃癌组织与正常组织表达不具有表达差异不符合。c)在ROC曲线显示诊断胃癌的潜在应用价值上:CYP4A22-AS1灵敏度为0.906,特异度为0.869,曲线下面积(Area under curve,AUC)=0.917;TMEM191A灵敏度为0.625,特异度为0.90,AUC=0.843;BOLA3-AS1灵敏度为0.062,特异度为0.979,AUC=0.041;ALOX12P2灵敏度为0.750,特异度为0.731,AUC=0.747。d)TMEM191A表达水平与胃癌患者OS没有统计学差异;CYP4A22-AS1低表达组OS预后更差,BOLA3-AS1高表达OS预后更差,但其与TCGA数据库验证的2个Lnc RNA在胃癌中的表达趋势不相符合;ALOX12P2高表达组中位生存时间更短,可能提示高表达组OS预后更差,但无统计学差异。(3)4个Lnc RNA的表达水平与本中心80例胃癌患者临床病理特征之间的关系:TMEM191A与BOLA3-AS1的表达水平与各项临床病理特征没有相关性;CYP4A22-AS1的表达水平与脉管浸润正相关,与RT-q PCR验证其在胃癌组织中低表达不符合;高表达的ALOX12P2与神经浸润正相关。(4)综上所述,ALOX12P2最有可能对胃癌发生发展和生存预后有潜在影响,因此我们选择ALOX12P2继续进行生物学信息分析验证。Kaplan Meier Plotter数据库生存分析结果显示ALOX12P2高表达的胃癌患者生存时间更短,预后更差。Cox单因素和多因素分析结果显示,ALOX12P2的相对表达水平是胃癌患者OS,DSS和PFI的独立危险因素。(5)Wnt信号通路中Wnt配体,即Wnt3a的表达水平在ALOX12P2高低表达组的相对表达水平有差异,在ALOX12P2高表达组Wnt3a表达水平升高;Spearman相关性分析证实Wnt3a与ALOX12P2具有正相关性。生物信息学分析显示:通过ENCORI预测分析ALOX12P2与mi R-217可靶向结合,而mi R-217可以靶向负调控TCF7L2,而TCF7L2通过Wnt信号通路调节胃癌的进展,GEPIA数据库显示ALOX12P2与TCF7L2存在正相关。因此我们推测ALOX12P2可能通过mi R-217/TCF7L2/Wnt轴调控胃癌的发生发展。结论:(1)ALOX12P2在胃癌组织中表达明显上调,临床病理特征相关性分析发现它与胃癌患者神经浸润阳性正相关。(2)生物信息学分析提示:胃癌患者中,ALOX12P2高表达的生存预后更差,它是胃癌患者预后的独立危险因素。(3)生物信息学分析预测ALOX12P2可能通过竞争性结合mi R-217,解除对TCF7L2的抑制并上调TCF7L2的表达,进而通过Wnt信号通路调控胃癌的发生与发展,但需要后续体内体外实验验证。
其他文献
研究背景与目的:痛风是全球最常见的炎症性关节炎,且被大量研究证明是心血管疾病的独立危险因素。而研究左心室功能与痛风之间关联的超声心动图数据有限。本研究目的是基于二维斑点追踪成像技术分析痛风患者的左心室功能参数,探讨引起其变化的临床相关指标特征及相关性,为痛风患者左心室功能异常的早期诊治提供临床依据。材料与方法:分析了2019年11月至2020年12月于成都医学院第一附属医院风湿免疫科就诊的处于间歇
学位
研究背景与目的:脑缺血是人类死亡和残疾的主要原因之一,缺血后尽快实现缺血灶血流再通是改善患者预后的重点。而相关研究表明,再灌注之后脑组织可出现炎性因子释放增加等病理生理现象,脑细胞面临损伤加重的风险,这使再灌注治疗的临床效益大大降低。一氧化碳(Carbon monoxide,CO)是血红素的一种分解产物,有出色的神经保护作用,但是有效释放一直是研究中未解决的难题。血红蛋白携氧载体(Hemoglob
学位
研究背景与目的认知功能障碍(cognitive impairment,CI)是维持性血液透析(Maintenance hemodialysis,MHD)患者近年来发现且发病率较高的并发症。本研使用蒙特利尔认知功能量表(Montreal Cognitive Assessment,Mo CA)检测患者的认知功能状况,研究哪些因素是MHD患者CI的危险因素。并筛选出尿量≥50ml/24h且晨尿≥5ml的
学位
研究背景与目的:2型糖尿病(Type 2 Diabetes Mellitus,T2DM)是一种严重危害公共健康的慢性代谢性疾病,其与非酒精性脂肪肝病(Nonalcoholic Fatty Liver Disease,NAFLD)之间有很强的双向关系。氧化应激在T2DM及NAFLD的发生及发展中起到非常重要的作用,且在围手术期,手术操作等因素会加重患者氧化应激损伤,进一步损害肝功能。右美托咪定(De
学位
研究背景与目的:钠牛磺胆酸共转运多肽缺陷病(sodium taurocholate co-transporting polypeptide deficiency,NTCP)是由于SLC10A1基因突变,影响NTCP从血浆中摄取胆汁酸盐的功能,导致胆汁酸在血液中大量堆积,形成显著而顽固的高胆汁酸血症。荷兰科学家在2015年报道了首例NTCP缺陷病,该病例报道中肝功总胆汁酸(Total bile ac
学位
研究背景与目的:心血管疾病是导致中国居民死亡的主要原因之一。在过去的20年里,随着我国社会、经济和医疗的发展,人们的生活水平发生显著变化,风湿热及其引起的风湿性心脏瓣膜病(Rheumatic heart valve disease,RHVD)的发生率也显著下降。但是在我国风湿性心瓣膜病的发病率仍然高于发达国家。大量研究表明,RHVD发病机制涉及瓣膜纤维化、瓣膜钙化等,其过程与慢性炎症浸润、细胞基质
学位
研究背景和目的急性重症脂源性胰腺炎(hyperlipidemia severe acute pancreatitis,HLS AP)可导致全身多个系统损害,病死率高达15-20%。急性重症脂源性胰腺炎可以累及多脏器,具有并发症多、发病急、病情进展快、病死率高的特点。近年来,临床上应用连续性的血液净化(continuous blood purification,CBP)技术治疗H LSAP,血液透析
学位
研究背景:造影剂肾病(contrast-induced nephropathy,CIN)是指排除其他疾病影响的前提下,在造影剂注射后短时间内出现的急性肾功能不全。冠脉介入手术的不断进步和影像学硬件设施的快速升级,为心脑血管系统疾病的诊治提供了强有力的支撑,同时造影剂的大量使用及患者合并的基础疾病增多使得CIN成为了心导管术及冠脉介入治疗术后的常见并发症,CIN目前已成为医院获得性肾功能受损的主要原
学位
第一部分目的:建立我院正常妊娠妇女妊娠早、中、晚期特异性甲状腺血清指标参考范围。方法:选取我院2019年10月至2021年10月符合纳入排除标准的妊娠早期(1341例)、中期(234例)、晚期(345例)病例,计算95%可信区间制定妊娠期特异甲状腺血清指标参考范围。结果:四川省人民医院孕早期FT3参考范围为:3.89-6.09pmol/L;FT4参考范围为9.97-14.99pmol/L;TSH参
学位
研究背景:目前女性乳腺癌已经超过肺癌,成为最常见的癌症。随着人类社会经济发展,早发现、早诊断、早治疗的二级预防理念逐渐得到认可,大部分的乳腺癌患者在早期即被确诊。乳腺癌的诊治方式越来越多,在乳腺癌外科手术方面,由乳腺癌Halsted根治术逐渐演变发展为创伤更小的保乳手术。既往已有研究表明早期乳腺癌行保乳术是安全可行的,经过长达20年的随访,其生存预后与行改良根治术的I期和II期乳腺癌患者相当。但是
学位