研究背景:桥本病,又称为慢性淋巴细胞性甲状腺炎,是一种自身免疫性疾病。桥本病以T、B淋巴细胞浸润甲状腺腺体的细胞免疫为特点,同时伴有生成抗体的体液免疫反应。桥本病病程长,临床表现较复杂,有合并甲状腺肿瘤的可能。当其合并甲状腺癌时,一般不伴有特殊的症状,因此给桥本病合并甲状腺癌的诊断带来了一定的困难。此外,对于桥本病合并甲状腺癌的基因组特征我们目前了解的甚少。研究目的:通过全外显子测序技术,对桥本病合并甲状腺癌的外显子进行全面筛查。通过研究桥本病合并甲状腺癌的基因突变谱找到其特有的变异,并对桥本病合并甲状腺癌的病因、生物学特性进行系统的研究,试图找到桥本病合并甲状腺癌和普通甲状腺癌的区别和联系。研究方法:我们收集了中国医学科学院肿瘤医院头颈外科手术切除的6例患者的甲状腺局灶病变,术后诊断为桥本病合并甲状腺癌。此外,我们也收集了对应的全血标本。随后对这些标本进行了全外显子组测序,包括了 gDNA的提取、DNA文库的构建、外显子的富集、上机测序。数据的预处理采用GATK流程,体细胞突变的鉴定采用了 MuTect和Strelka。同时我们下载并进一步分析了肿瘤基因图谱计划中492例乳头状甲状腺癌的突变情况,将其与桥本病合并甲状腺癌进行了比较。研究结果:外显子测序的结果显示桥本病合并甲状腺癌的突变负荷较低。经过分析,在6例桥本病合并甲状腺癌中总共有44个突变,其中非同义突变有29个。BRAFV600E热点突变为重复突变,在样本中的突变频率为50%。此外一些重要的基因比如 FCGR2A、CRIPAK、FOXO3、NCOA3、PDE4DIP和B D 在桥本病合并甲状腺癌中也发生了突变。桥本病合并甲状腺癌和肿瘤基因图谱计划中的乳头状甲状腺癌存在着一些相似的分子特征,比如均存在BRAFV600E的突变且突变频率接近,突变模式以C>T为主,但是两种肿瘤在突变谱上也存在一些差异。结论:通过外显子测序分析,我们鉴定出了桥本病合并甲状腺癌的突变图谱和突变模式。BRAFV600E热点突变出现在了 3例患者中,因此可能与桥本病合并甲状腺癌发病机制相关性较大。此外,通过与肿瘤基因图谱计划中的甲状腺癌比较发现两者既有相似之处,同时也存在一些区别。研究背景:食管癌是一种常见的消化道肿瘤。其病理类型包括鳞癌和腺癌两种,其中鳞状细胞癌为我国食管癌最常见的病理类型。虽然对于食管鳞癌目前有手术、化疗、放疗以及其他的一些辅助治疗,但是晚期食管鳞癌的治疗效果不容乐观,且相同临床分期的患者预后差异很大。食管鳞癌的靶向治疗相关研究正处在试验阶段,目前尚无成熟的靶向药物可以应用于临床。因此有必要从分子水平对食管鳞癌做更深入的研究。研究目的:本研究利用肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中存储的食管鳞癌数据,研究食管正常上皮细胞和食管鳞癌细胞间差异表达的基因以及基因表达水平与预后的关系。研究方法:从TCGA下载所有食管鳞癌的转录组数据及对应临床信息。采用edgeR包鉴定正常样本和肿瘤间差异表达的基因,利用DAVID对差异表达的基因做功能富集分析并用STRING数据库构建蛋白间的互作网络。基于基因表达值构建基因共表达网络以及根据基因表达量的高低对患者分组并利用log-rank检验分析预后生存。研究结果:一共下载了 81个食管鳞癌的转录组数据以及对应的临床样本信息,此外还下载了 11个正常样本的转录组数据。本研究共鉴定到2788个差异表达的基因,其中有1168个基因在肿瘤中上调,1620个基因在肿瘤中下调。上调的基因富集到细胞周期、DNA复制和错配修复等通路,下调的基因富集到代谢相关通路。通过蛋白互作网络的构建,找到了一些食管鳞癌相关的基因比如ANO1、FGF19和NKX2-1与其他一些肿瘤相关的基因发生了直接的联系。通过基因共表达网络的构建,得到了 10个共表达的模块。其中棕色模块与肿瘤的发生部位存在相关性(P=0.003),其核心基因包括RPS2、RPLP0、RPL6、RPL27、RPL41、RPLI8A、RPS28、RPS9和RPL19。TNFRSF10B和DDX18两个基因的表达水平与预后存在相关性,该两个基因高表达的患者总生存期长于低表达的患者。TNFRSF10B高表达组和TNFRSF10B低表达组的3年生存率分别为82.5%和15.1%;类似的,DDX18高表达组和DDX18低表达组的3年生存率分别为82.4%和 15.2%。结论:本研究利用TCGA食管鳞癌转录组数据,分析了正常样本和肿瘤间差异表达基因的情况,构建了蛋白互作网络和基因共表达网络。同时分析了基因表达量与预后的关系。本研究结果为后续的功能实验提供了一定的指导并且在预后判断上也起到了一定的提示作用。