【摘 要】
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天名精属自成立后,得到广泛承认,同时也被开发利用,特别是在药用方面。前人对天名精属已开展了系统学研究,初步探讨了该属部分物种的亲缘关系,但仍存在诸多问题亟待解决,如属下分支关系不明确以及一些物种的亲缘关系尚不明朗。此外,前期基于DNA片段的分子系统发育研究结果存在一些问题,这可能与一些片段的信息位点不足有关,所以一些DNA片段可能不适用于该属的系统发育分析。基于天名精属仍存在的一些系统学问题和一些
【基金项目】
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科技部重大项目:青藏高原第二次科学考察(2019QZKK0502); 国家基金面上项目:整合形态和简化基因组测序对菊科天名精属的分类修订(32170215); 国家基金地区基金项目:青藏高原地区的“天空岛”效应对植物染色体变异的影响(31960046)
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天名精属自成立后,得到广泛承认,同时也被开发利用,特别是在药用方面。前人对天名精属已开展了系统学研究,初步探讨了该属部分物种的亲缘关系,但仍存在诸多问题亟待解决,如属下分支关系不明确以及一些物种的亲缘关系尚不明朗。此外,前期基于DNA片段的分子系统发育研究结果存在一些问题,这可能与一些片段的信息位点不足有关,所以一些DNA片段可能不适用于该属的系统发育分析。基于天名精属仍存在的一些系统学问题和一些DNA片段可能不适用于该属的系统发育分析2方面,本研究主要基于3种数据(DNA片段、叶绿体基因组和简化基因组)开展了该属的系统发育研究。首先,DNA片段数据选取2个该属最全最常应用的片段,包含了最新发表的物种。基于这2个DNA片段的系统发育分析结果,先验证DNA片段对开展分析该属系统分析的适用性,其次初步确定天名精属属下的系统关系。其次,参考一些有关的系统发育基因组学研究,本研究结合叶绿体基因组与简化基因组数据对天名精属进行系统发育分析,与基于DNA片段进行系统发育分析的结果相互验证。与此同时,叶绿体基因组数据进行全基因组比对,可以筛选出适合该属系统分析的叶绿体片段。简化基因组数据在构建了系统树之后,可以结合一些关键性状进行性状分析。3种数据的分析主要去解决天名精属存在的系统学问题,同时还提供一些其它方面的证据。基于3个方面的数据进行分析的主要结果如下:(1)基于更多物种的分子片段数据进行的系统分析,验证了本属基于DNA片段进行系统发育分析的不足,同时确定了天名精属的主要分支。天名精属并不存在明确的2大支系,但一些物种构成亲缘关系较近的4个分支。(2)对天名精属一半物种进行叶绿体全基因组测序,在叶绿体基因组水平进行部分物种种间关系评估。结果主要分为两部分:一方面是叶绿体基因组结构上,首先显示天名精属叶绿体基因组图谱存在2种不同4分体结构。天名精与天名精属其它物种的结构不同,更接近旋覆花属物种的叶绿体基因组结构;其次,IR边界分析进一步了验证天名精属叶绿体基因组存在的3种情况。天名精也与旋覆花属物种的情况更为相似,天名精属其余物种分别具有另外2种情况;最后,通过对整个叶绿体基因组的变异位点进行分析,筛选了适合天名精属系统发育研究的叶绿体基因序列,也验证了此前片段不足的原因;另一方面,基于叶绿体基因组和共有CDS序列的系统发育分析提供了一个较为稳定可靠的结果,确定了之前基于片段分析提出的一些分支,也明确了天名精与薄叶天名精的系统地位。(3)简化基因组数据取样覆盖了天名精属70%的物种。对14物种的4个关键性状进行系统发育结果与前面的结果相互验证,也进一步验证了舌叶天名精与纤细天名精之间的系统关系。其次是结合对16个天名精属性状进行主成分分析筛选出的4个关键性状进行祖先性状分析,探讨天名精属这4个关键性状演化规律,综合结果确定了天名精属的系统框架。
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