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家禽属卵生动物,胚胎发育容易受到外界环境因素(营养、孵化温度、激素和运动等)的影响,其中孵化温度对禽类胚胎发育和机体代谢影响较大。本研究以鸭胚胎为研究对象,通过在鸭胚孵化中后期改变孵化温度,检测鸭胚及出壳后雏鸭组织器官发育、血液脂质代谢指标的变化,并继续重点以鸭腿肌为研究对象,通过转录组测序分析孵化温度影响胚胎组织发育的分子机制。取得的主要研究结果和结论如下：(1)孵化温度处理对鸭孵化效果有一定影响,但与对照组比差异不显著(P>0.05)。孵化温度对鸭胚胎腿肌发育具有抑制作用,在E25和出壳时达到显著差异(P<0.05)。孵化温度处理使雏鸭体重增加,在W2、W4和W6时处理组胸肌和腿肌重量都高于对照组,且在W6时两个组腿肌重差异达显著(P<0.05)。(2)孵化温度对鸭胚及雏鸭心脏发育影响不明显,整体表现抑制作用,但仅在E25时与对照组比差异达显著水平(P<0.05)。孵化温度升高对鸭胚胎期肝脏发育有抑制作用,但对出壳后肝脏发育有促进作用,在所研究的阶段差异显著(P<0.05)。(3)孵化温度提高后,降低了血糖水平,在鸭出壳后4W时差异达到显著水平(P<0.05)；孵化温度提高影响了血液脂质代谢指标,处理组血浆甘油三酯(TG)、总胆固醇(TC)和低密度脂蛋白(LDL)水平均高于对照组,其中LDL在胚胎期处理组和对照组间差异显著(P<0.05),TC在鸭出壳后对照组和处理组间差异显著(P<0.05)。(4)孵化温度升高对鸭胚胎期免疫器官发育也有一定影响,研究结果表明处理组鸭胚胎胸腺、脾脏和法氏囊器官指数降低,其中在E25法氏囊指数差异显著(P<0.05),在出壳时脾脏指数差异达显著(P<0.05)；孵化温度还影响了鸭胚胎及出壳后血液干扰素γ(IFN-γ)水平和免疫球蛋白/总蛋白比值,在2W时处理组和对照组两个指标差异皆达到显著水平(P<0.05)。(5)孵化温度对鸭胚胎发育的影响,也间接影响到了胚后鸭组织发育和血液脂质代谢,本研究结果表明：处理组血糖水平在E20和W4之间呈现显著负相关(P<0.01),且出壳和W4之间呈现显著负相关(P<0.01)。对照组血液中的TG水平在出壳和W2之间呈现显著负相关(P<0.05)。处理组TC水平在E20和W2之间呈现负相关,对照组TC水平在E20和W2之间呈现正相关。(6)孵化温度对鸭胚肌肉发育形态影响的分析结果表明：E20和W2时处理组胸肌和腿肌纤维均大于对照组,说明孵化温度对鸭E20鸭腿肌发育影响已经明显。因此,运用RNA-Seq转录本测序技术检测了处理组和对照组鸭E20时腿肌样品,分析结果显示：处理组和对照组clean reads占reads总数的98%以上,Reads在参考基因组上的分布均匀,建库策略的随机性好,基因数增长速度趋于平缓,检测到的基因数趋于饱和,基因覆盖度较高,说明测序质量满足后续分析。分析共注释了335个差异表达基因,其中182基因表达上调,153个基因表达下调。GO功能显著性富集性分析显示这些差异表达基因主要参与细胞组成、分子功能和生物学过程三个方面,涉及细胞形态结构、细胞免疫、能量代谢、信号传导等方面的变化。信号通路富集结果表明,孵化温度主要通过影响细胞蛋白质合成等过程,对鸭胚胎肌肉发育产生影响。其中,核糖体代谢过程和MAPK信号路径是孵化温度影响鸭胚骨骼肌发育的重要分子途径。