我国流域生态补偿基金经历了一个从政策个别调整到立法调整以及个别地方立法试点先行的渐进过程。由于没有体系的流域生态补偿基金的制度,流域生态补偿受着种种制约,不仅仅影响到流域的生态保护与开发,也严重挫伤了人们参与流域生态补偿的积极性。本文通过分析我国流域生态补偿在制度本身和法律规定不完善的情况下,在综合考虑流域经济、社会、政策等实际情况的基础上,提出建立流域生态补偿基金制度的设想,确定了明确的管理和监督机构。探讨流域生态补偿的概念,流域生态补偿基金的特征,确定流域生态补偿法律关系的主体和客体,从而对确立流域生态基金的基本框架有重要意义。我国在流域生态补偿横向财政转移支付和纵向的补偿上存在制度上障碍,本文认为补偿责任的社会化理论,环境经济外部性理论和环境正义理论构成了流域生态补偿基金的理论基础,并进一步对其在法律制度和流域补偿制度的缺失进行了全面分析,得出了较为合理与全面的结论。同时介绍了我国环境基金、森林补偿基金和国外同一种类基金的效益,指出了我国建立流域生态补偿基金的实践依据。在上述理论基础上,通过对流域生态补偿基金的来源,补偿范围和管理制度的描述来建立流域生态补偿基金制度。文章建议应当通过第三方机构加强对流域生态补偿基金制度的监督。