球形马拉色菌脂肪酶SMG1的定点突变研究及生物信息学分析

来源 :华南理工大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liyin900101
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
脂肪酶是能够催化水解甘油酯的酶,在油脂工业和化工领域中具有广泛的应用。天然存在的脂肪酶一般要经过人工改造才能应用到工业生产中去,例如采用突变或化学修饰的方法改善脂肪酶的性质(例如热稳定性、酸碱耐受性、有机溶剂耐受性、金属离子耐受性、对应异构体选择性、底物选择性等),使其更适用于工业应用。在分子水平上改造酶常用的方法有两种:定向进化和理性设计。定向进化是采用随机突变的方法对脂肪酶进行人为的突变,然后按照一定的条件筛选出所需要的表达菌株,但是该方法工作量大、成本高。另一种方法是基于酶三维结构的理性设计,该方法一般运用于那些蛋白晶体结构或其同源蛋白结构已知的脂肪酶,通过运用生物信息学的方法模拟并预测位点突变可能产生的影响,然后进行定点突变实验验证,该方法目的性强、成本低、正突变率高,随着蛋白结构数据库的不断增大和生物信息学分析工具预测能力的不断增强,理性设计的方法越来越多地被应用到酶改造中去。本论文对球形马拉色菌脂肪酶SMG1晶体结构的分析,结合已有的研究成果,特异性地对W116、W229和N277三位点进行定点突变,然后分析并比较野生型及突变体的酶学性质(最适温度、最适pH、温度耐受性、pH耐受性、底物选择性),运用DiscoveryStudio V3.5构建突变体模型并进行分子对接,从分子结构上研究突变对SMG1脂肪酶性质的影响。结果显示,突变后SMG1脂肪酶的酶学性质有了较大的变化。通过W116A和W116H突变使SMG1脂肪酶在45℃下的半衰期从77min分别提高到了347min和116min。而N277D突变也将SMG1在40℃下的半衰期从292min提高到了367min。此外,突变还提高了脂肪酶的底物选择性,W116A突变使得SMG1脂肪酶更倾向于水解长碳链底物,而W229L和N277F突变体则使SMG1脂肪酶更倾向于水解中短碳链底物。试验结果显示突变还改变了SMG1脂肪酶的最适温度、最适pH、最适底物。通过生物信息学的进一步分析,我们发现L103-F278残基对SMG1偏甘油脂肪酶特异的底物选择机制具有重要的作用。此外芳香族残基在酶的催化过程中也起着重要的角色,蛋白结构中大量的弱的相互作用(包括NH-π, OH-π, CH-π和π-π等)对蛋白结构的稳定性起着重要的作用,通过W116和W229位点分析发现一些弱的相互作用CH-π和π-π对酶的活性及热稳定性等生化性质具有显著的影响。
其他文献
2009年7月24日-7月29日,《数据采集与处理》第六届编委会第二次会议在沈阳隆重召开,来自全国20所高校35名代表出席了大会。本次会议的主题是:进一步提高期刊质量,争取进入EI数据
本文以“基于深度学习的评论文本情感分类”为题展开研究,首先对目前国内外的研究现状和常用算法进行深入的调研,对目前主流的情感分析方法做了简单的介绍和分析。深度学习作为机器学习的一个方向,成为了自然语言处理领域中情感分类的研究热点。本文运用深度学习模型从对中文文本的情感分类问题和跨领域情感分类问题两个方面进行研究。主要研究内容如下:本文使用了一种双向长短期记忆网络(Bi-directional Lon
近年来,随着5G通信技术及各种物联网新型定位技术的发展,室内位置服务与移动对象数据管理成为GIS领域研究的热点。室外场景下的路网提取、生成,移动对象查询、移动对象轨迹数
发光二极管(Light Emitting Diodes,LEDs)具有体积小、寿命长、亮度高、能耗低、和安全环保等特点,已经广泛应用于户内外照明、显示屏、路灯、可见光通信和植物照明等领域。LED芯片的结构主要分为三种类型:水平结构LED芯片、倒装结构LED芯片和垂直结构LED芯片。倒装LED芯片技术因其散热性好、光提取效率高、工艺稳定且成本较低等优点而迅速成为学术界和工业界的研究热点。然而,倒装L
装配式预应力钢筋混凝土简支箱梁桥因其受力合理,结构整体性好,稳定性高,施工质量易控、工期短、造价低等良好的社会经济效益,成为我国公路建设中20m40m跨径桥梁的首选桥型。迄今为止,我国修建的装配式预应力混凝土箱梁桥已达上万座。但是预应力钢筋混凝土简支箱梁桥又备受由于混凝土开裂带来的一系列问题的困扰,影响箱梁的耐久性和安全性。高强混凝土具有抗压强度高,抗拉强度相对提高,弹性模量大、收缩徐变小,质地均
课程教学效果直接影响学生的专业基本理论水平,关系到学生未来业务素质和能力。本文介绍了我校《汽车保险与理赔》课程教学的主要内容,对课程的教学改革进行了探讨,为课程的有效
中国珠宝行业经过30多年的发展,取得了令人瞩目的成绩,不断扩大的市场吸引着越来越多的加入者,珠宝门店数量迅速崛起,行业竞争日趋激烈,行业集中度低。随着海外品牌的进入、