非政府组织自产生以来对全球和各国内部公共事务治理发挥着重要作用。在中国改革开放和全球经济一体化的背景下，境外非政府组织大量进入中国，并在中国各个领域开展活动，影响不容小觑。国际经验表明，非政府组织是一把双刃剑，如果管理的好，有利于国家经济发展和社会稳定;反之，如果管理的不好，则会危害国家政治稳定和社会安全。在新的国内国际形势下，如何在中国独特的国情下理解、规范和引导境外非政府组织发展，正确发挥其在公共事务管理中的作用，不断推进国家治理体系和治理能力的现代化，是一个亟需解决的重要问题。　　本文首先从在华境外非政府组织的发展历史及背景、现状和特点入手，研究中国政府对境外非政府组织的管理制度变迁，以及管理现状。其次，以上海地方为例研究当地政府部门对在华境外非政府组织的管理方法，并选取上海“根与芽”组织为案例，分析该方法的积极作用和存在的问题，并提出思考，研究问题背后的深层原因。第三，根据发达国家和发展中国家不同国情背景，比较并分析部分国家对境外非政府组织管理中，在立法层面、监管主体、准入机制、监管方式及税收管理方面的经验和方法，从而对我国境外非政府组织管理得出启示。最后，结合当前的国际背景和我国发展需要，对境外非政府组织进行重新认识和定位，并提出管理的对策和建议。　　通过研究，可收获以下结论:发展非政府组织是大势所趋，通过引入、学习境外非政府组织，带动本土非政府组织的发展，是一个必经的过程;境外非政府组织管理不是一成不变的，是一个动态管理的过程，要与每个时期、每个国家的国情相适应，尤其对中国来说，不能简单复制、照抄西方;管理境外非政府组织需要理念的创新和制度的创新，当前，我国还存在法律体系不健全、管理制度不合理、监管虚化等问题，尤其需要通过法治的手段提高政府管理水平和管理能力。在此过程中，境外非政府组织也不仅是被动的接受者，其在一定程度上也推动了中国治理水平的完善，政府的管理不仅是对境外非政府组织的约束，更是通过管理建立一个健康、有序的社会秩序，该种秩序能够促进政府与非政府组织之间的良性互动，从而最大限度提高国家法治水平和治理能力的现代化。