农民工作为城乡统筹发展的重要力量，其群体的权益困境凸显。解决好农民工的权益保障问题，保护好农民工的合法权益，不仅关乎到社会的公平公正、社会的稳定及和谐发展，还会影响到经济可否持续发展。因此，研究农民工合法权益的流失方式和原因，探究地方政府在保护农民工合法权益中的社会责任，是当前的一个热点问题。本文主要采用了文献分析法、问卷调查、典型案例调查等方法，对牡丹江市农民工的劳动权益保护问题进行了认真探讨，力图对劳动权益保护中的问题进行详细的分析，阐明其成因，进而提出具体可行的建议和对策。文章首先介绍了研究的背景、目的意义、国内研究进展以及农民工劳动权益保护相关概念与基础理论。其次，通过对牡丹江市300位农民工进行问卷调查，分析了牡丹江市农民工劳动权益保护现状，问卷调查内容包括对农民工基本情况、从业途径及结构、劳动合同、工作时间及收入水平、劳动保障、受教育权益、政治权益及社会地位以及维权意识等方面的调查。再次，通过对阳明区Y企业进行典型案例调查的基础上，分析牡丹江市农民工劳动权益保护中存在的问题及成因。最后针对牡丹江市农民工权益保护中存在的突出问题，提出牡丹江市农民工劳动权益保护的建议及对策，主要包括强化政府在农民工权益保护中的责任、改革城乡二元户籍制度、积极变革传统的二元就业制度、建立和完善覆盖城乡的社会保障制度、强化农民工权益的法治保障、完善工会功能、提高农民工依法维权的行动能力以及加强教育培训，提高农民工综合素质。在保护农民工劳动权益的过程中，政府、企业及农民工三者均有各自的责任，但关键和核心在于政府。本文对牡丹江市农民工权益保障现状及存在的问题进行研究，以期为牡丹江市政府及有关部门提供一定的对策参考，并对全国农民工权益保障工作提供具有一定的参考价值。