“中医药是中华文明瑰宝,是5000多年文明的结晶,在全民健康中发挥着重要作用。”但是由于中药成分和作用机理复杂,难以通过一般药理学方法全面、系统的阐释其作用机理。网络药理学融合了系统生物学、生物信息学和化学信息学等多种最新研究方法,其系统性研究思想与中药的作用机理非常契合,因此能够突破传统“一药一靶”的研究模式,从整体上解释中药的作用机制。近十多年来,网络药理学方法在中药研究中获得了广泛应用,并取得了诸多令人瞩目的成果。但同时也暴露出套路化、流于形式等缺陷,有必要对这一方法进行深入研究,在方法和应用两方面挖掘潜力,探索其应用新场景。当前网络药理学方法在中药中的应用通常侧重于对某些中药或复方在某一特定疾病的治疗机理研究,通过收集中药的化学成分,预测可能的作用靶标,分析涉及的与疾病相关通路,建立“中药—成分—靶点—通路”的网络,在此基础上阐明中药的作用机制。本论文进一步探索网络药理学在中药研究中的新应用,具体包括:中药和复方的新应用的挖掘;多基原植物的中药品种以及中药混伪品的药效差异评价;中药传统功效的现代药理学解释,等等。充分挖掘网络药理学方法的潜力,使之能够应用于更多的中药研究领域。本论文使用的网络药理学研究流程,在不同的研究环节使用的工具如下,化合物收集部分使用了来自文献和多个中药化合物数据库的信息,如TCMSP、BATMAN-TCM、ETCM数据库;化合物靶点预测部分使用了 SEAview和Discovery Studio 软件,TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss Target Prediction 数据库;疾病靶点预测部分使用了 GeneCards、GEO、DisGeNET数据库;基因富集分析部分使用了 DAVID数据库;疾病预测部分使用了 Metascape、CTD和TTD数据库;分子对接部分使用了 MOE软件.;网络图构建使用Cytoscape3.6.1软件。目前网络药理学的研究大多基于常规的研究路线,未能充分发挥网络药理学方法的作用,本论文基于对网络药理学在中药研究中的应用进行了深入研究和拓展,从四个角度探究网络药理学在中药研究中的新应用,即中药单味药、中药复方、不同基原植物和具有相同传统功效中药（以活血化瘀为代表）的药效学进行了研究。主要结果如下:（1）黄芩可能是通过MAPKs、RELA等靶点,介导胰岛素抵抗通路和多条炎症通路发挥抗2型糖尿病的作用。（2）黄芩可能是通过MAPKs、EGFR等靶点,介导多条与神经系统有关通路发挥抗阿尔茨海默病的作用。（3）茵栀黄复方可能通过野黄芩苷,黄芩苷等活性化合物,介导PI3K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路等,发挥治疗病毒肝（乙肝）的作用。（4）茵栀黄复方可能参与HIF-1信号通路和胆汁分泌通路发挥治疗胆汁淤积作用。（5）金银花和山银花之间具有高度相似性,我们认为它们可以在临床治疗炎症中互换使用。（6）5类贝母在化合物类型、作用通路和疾病上具有很大相似度。（7）川芎、丹参、莪术和血竭在作用疾病上有很多的共同点,但在化合物类型、靶点和作用通路上差别很大。本研究为网络药理学在中药中的应用拓展了新的研究空间,有利于充分发挥网络药理学这一方法的潜力,提高中药药理学的信息化水平,推进现代化进程。