分税制的财税体制自1994年开始实行之后,有力地提高了中央和地方政府的积极性,在国地税机构改革初期稳步提高了中央财政预算收入占全国财政预算总收入的比重,逐渐打破“财政弱中央”的局面,财政秩序也得到了明显的发展与改善。但随着我国社会主义经济一体化的持续健康发展,国地税机构分设越来越不适应降低征纳成本、提高税收行政效率的时代发展要求,随着“营改增”等一系列税制结构性改革的深入实施和我国税收征管系统的完善,加之前期国税和地税的深入合作,在新时代的财税政策要求下,2018年我国正式开始了国地税征管体制改革,独立运转长达24年的国税、地税两套管理机构合二为一。本文回顾了国税和地税机构分设到合并这一历史过程,阐述了税务机构设置对我国税收行政效率的重要性和影响,从税收征管成本、税收遵从成本和纳税人满意度方面探究昆明市Y县国地税机构合并前影响税收行政效率的因素,为评判国地税机构合并后税收行政效率的情况和如何优化提供了启示。通过分析Y县国地税机构合并后税收行政效率概况,探讨了国地税机构合并对优化税收行政效率具有降低征收管理成本、降低纳税遵从成本、提高纳税人满意度和提高税收工作积极性的积极作用,同时,研究了因处在合并初期,还存在配套制度不够完善、内部机构目标存在差距、税务干部队伍不够优化和征管、服务方式滞后于税收工作需求的现实困境及影响因素。最后,提出健全税收法制、优化部门职责分工、加强税务干部队伍建设、提升税收征管服务水平及优化营商环境配套措施等策略来提高税收行政效率,以期实现税收行政效率优化的目标,更好地体现税务机关的经济和社会职能。