近年来,我国制造业的发展日益缓慢,制造业增加值占GDP的比重自2010年来连年下滑,在经济新常态的背景下,制造业作为一国承载创新资源最多的部门将会面临更大的挑战。为全面推进实施制造强国的战略,提高制造业的生产效率这一任务更是重中之重。在供给侧结构性改革中,降低实体企业成本的方案要求合理降低企业的税收负担。因此,研究我国制造业企业的税负对其全要素生产率的影响具有现实意义。首先,本文对税收负担和全要素生产率的概念和相关理论进行阐述,介绍了税收负担和全要素生产率的相关研究和税负影响企业生产效率的相关研究。其次,从理论上分析企业的税收负担如何影响其全要素生产率。全要素生产率的变动来源为技术进步、规模效率和纯技术效率的提升,资源配置的变化将会改变这些效率;而企业的税收负担通过影响投资收益率、现金流、生产规模和优惠投资改变资源配置,即企业税负的效应。在税负效应下,资源配置变化将使企业全要素生产率发生变化。不同税种对全要素生产率的影响以及不同要素密集型企业税负对全要素生产率的影响均存在差异。再次,本文选取部分制造业上市公司为实证研究对象,基于2008-2015年的面板数据,采用面板门槛模型对企业所得税和流转税对全要素生产率的影响进行了检验,在全样本实证检验基础上,按相同的方法对不同要素密集型子样本企业进行实证检验。结果表明:(1)企业所得税对全要素生产率的影响存在门槛,二者的关系近似一个倒U形,随着企业所得税税率逐渐增加,其对全要素生产率的影响为先促进后抑制。技术密集型制造企业的门槛税率值低于劳动密集型制造企业的值,而资本密集型制造企业的所得税对全要素生产率的影响不明显;(2)绝大多数制造企业的流转税负不利于其全要素生产率的增长。不同要素密集型制造企业流转税税负对其全要素生产率的影响存在较大差异。最后,本文根据实证检验结果,结合制造业企业的特征,给出了在税负方面提升我国制造企业全要素生产率的建议。