16-18世纪土默特地区的行政制度先后经历了蒙古土默特部万户、归化城土默特都统旗、绥远驻防制和道厅制并存三个阶段。16世纪初,达延汗统一东部蒙古并分封万户,阿勒坦以集权手段促使了土默特部走向兴盛,人口流动,贸易兴起。但阿勒坦去世后,土默特部因内斗而衰落。权力的集中与分散影响了土默特部这一阶段的制度变迁,这符合传统游牧政权制度变迁的“路径依赖”。后金在统治漠南蒙古后,总体上实施盟旗制,土默特属于享受外藩札萨克待遇、参与会盟,却不设札萨克的都统旗。土默特部和其所在的归化城在清准战争中发挥了重要作用,封禁政策的松动和随军贸易的进行,再次促进人口流动。清朝一直有意地削弱归化城土默特都统的职权,直至两翼都统均被裁汰,归化城土默特成为了内属旗,清廷对归化城土默特部权力的赋予和削弱影响了盟旗制度的变迁。都统制之初设是受到了偶然性外部冲击的结果,不符合游牧政权的“路径依赖”,是一种“断裂”式的变迁。在都统旗运用于土默特一段时间后,制度运行渐趋成熟,清朝又将其运用于同样发生叛乱的察哈尔部,这是制度变迁进入到“平衡”期的表现。清准战争的持续性进行促使清廷开始筹划内外蒙古地区的控御措施,“自上而下”在蒙古地区设立驻防将军,重新建构权力关系。绥远将军设立重在军事,而后职权扩大到政治、民事等各个领域,最终形成了绥远将军“军政兼管”的权力格局,这一过程符合制度变迁“渐进转型”的模式。自明代中期以来,阿勒坦开发丰州、边境互市促进了土默特地区人口的流动和贸易的发展,积累了制度变迁的新元素。康熙年间封禁政策的松动和旅蒙商人的形成进一步积累了这些因素,发展到18世纪末,形成了“自下而上”推动土默特地区制度变革的力量,清政府在此处设立归绥道和口外十二厅,这也意味着土默特地区从游牧式的行政制度变迁为同内地一致的地方行政区划,这是一个更长时段的“渐进转型”过程,也是民族交流与融合的必然结果,这种自发形成的“历史认同”超越了统治者有意建构的“政治认同”。