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灌浆期是水稻重要的发育时期，对水稻产量和品质有重要的影响。因此，研究水稻灌浆的代谢机制对水稻分子育种有重要的指导价值。 本论文以珍汕97（Oryza sativaL.ssp.indica）和明恢63（Oryza sativa L.ssp.indica）为材料，利用GC-TOF/MS分析开花后第0、3、6、9、12、15、18和40天籽粒代谢物的变化，并观察籽粒发育的外观特征。结果显示，珍汕97和明恢63在开花后第6、18和40天籽粒代谢谱差异比较大，并且珍汕97的籽粒比明恢63的发育快。 进一步，本论文以珍汕97×明恢63组合的两周之内同时开花的108个重组自交系株系为材料定位控制代谢物含量的遗传位点(mQTL)。我们使用GC-TOF/MS和LC-QTOF/MS检测开花后第6天籽粒的代谢物，并运用R软件包MetaNetwork进行mQTL分析，一共鉴定到2468个代谢物QTLs。这些mQTLs在12条染色体上存在热点区，主要集中定位在染色体1、3、6、11和12上。结合与mQTL相关的代谢物的化学信息和QTL区间基因组注释信息，我们预测了13个控制代谢物含量的候选基因。 另外，本论文通过代谢物QTL和粒重QTL共定位分析，探索水稻粒重的代谢机制。我们利用WinQTLCart2.5软件的复合区间作图法对粒重（粒长、粒宽、千粒重和长宽比）进行QTL分析，一共鉴定出25个控制粒重的QTLs，并鉴定到4个与粒重QTL相关的代谢网络，这为进一步理解控制粒重的代谢机制奠定了基础。