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由于过度捕捞、人类活动以及全球气候变化，世界范围内水生生物自然资源都在急剧减少。另一方面，对水产蛋白质的需求却在不断增加。因此，自然资源的缺乏和世界范围内增长的人口数量对粮食安全形成了巨大挑战。科学家们和多们研究均致力于们求能们保们自然们源并增加们量的技们以造福人们。水们养殖就是一种迅速们展的、能们生们数以百万吨们的水们品以们足市们需求的技们。然而水们养殖们也面们着不少们们影响们量和利们的增们，例如生们速率们慢、养殖病害等。们们们些们们，们去几十年们人们运用们们育种方法们行了大量努力以提高水们物种的们量，并取得了一定成效，但一直缺乏根本性的改善。们们育种技们的主要缺陷在于耗们耗力，且育种们程中可靠性受到们境因素的干们们重。现代DNA测序技术的发展有力促进了育种学家们在较短时间内通过标记辅助选育（MAS）来筛选理想的水产经济物种。MAS依赖于掌握控制目标经济性状的基因或DNA序列，这项现代遗传学技术已被应用于多个水产物种，例如台湾开展的鲶形目鮠科系们们育研究已取得们著们展。淡水鲶是重要的水产养殖物种，其养殖历史已有数十年。DNA测序技术有力促进了鲶形目物种遗传资源的开发，因而加速了其系统发育研究。本论文完成了四种鲶形目物种的线粒体全基因组测序，并开展了系统发育分析。完整的Rita rita线粒体基因组序列长度为16,449bp，其整体特征，包括结构组成和基因排布方式，都与典型的脊椎动物线粒体基因组相似。该线粒体基因组包含13个蛋白质编码基因，2个核糖体RNA和22个转运RNA基因，以及1个线粒体控制区，平均碱基组成为33.40%A,27.43%C,14.26%G,和24.89%T。除ND6外所有蛋白质编码基因均由重链编码，14个tRNA基因由重链编码，其余基因由轻链编码。Rita rita线粒体基因组的基因结构与其他鱼类线粒体基因组基因顺序一致。完整的Sperata seenghala线粒体基因组序列长度为16,588bp，其整体特征，包括结构组成和基因排布方式，都与典型的脊椎动物线粒体基因组相似。该线粒体基因组包含13个蛋白质编码基因，2个核糖体RNA和22个转运RNA基因，以及1个线粒体控制区，平均碱基组成为31.28%A,27.80%C,15.31%G,和25.57%T。除ND6外所有蛋白质编码基因均由重链编码，14个tRNA基因由重链编码，其余基因由轻链编码。Sperata seenghala线粒体基因组的基因结构与其他鱼类线粒体基因组基因顺序一致。完整的Bagarius bagarius线粒体基因组序列长度为16,457bp，其整体特征，包括结构组成和基因排布方式，都与典型的脊椎动物线粒体基因组相似。该线粒体基因组包含13个蛋白质编码基因，2个核糖体RNA和22个转运RNA基因，以及1个线粒体控制区，平均碱基组成为33.40%A,27.43%C,14.26%G,和24.89%T。除ND6外所有蛋白质编码基因均由重链编码，14个tRNA基因由重链编码，其余基因由轻链编码。Bagarius bagarius线粒体基因组的基因结构与其他鱼类线粒体基因组基因顺序一致。完整的Wallago attu线粒体基因组序列长度为15,639bp，其整体特征，包括结构组成和基因排布方式，都与典型的脊椎动物线粒体基因组相似。该线粒体基因组包含13个蛋白质编码基因，2个核糖体RNA和22个转运RNA基因，以及1个线粒体控制区，平均碱基组成为31.17%A,28.15%C,15.55%G,和25.12%T。除ND6外所有蛋白质编码基因均由重链编码，14个tRNA基因由重链编码，其余基因由轻链编码。Wallago attu线粒体基因组的基因结构与其他鱼类线粒体基因组基因顺序一致。在本研究中，我们分别应用了鲇形目四个家族（鲿科，巨鲶科，倒立鲶科，鮡科，鲶科）中的48个种类和另一组家族（鳢科）。目前研究中，我们的目标种类是丽塔鲶，月尾鳠，魾属和叉尾鲇。在系统进化分析中我们应用不同的方法来验证亲缘关系(TML, TNJ, TME, TU andTMP).基于贝叶斯模型应用最大似然法来推测进化史。表明了进化树的最高纪录似然（-11816.9588）。树分支上表明了相应树的分类群集群的百分比。通过使用最大组成似然值方法估算的Neighbor-Join和Bio NJ算法应用于成对距离矩阵，将自动求得摸索探究的初始树，然后选择高记录似然值的拓扑异构。树成比例绘制，每个点替换的数量来衡量分支长度。此分析包括48个核苷酸序列。编码位点分别为1st+2nd+3rd+非编码。全部位点包括染色体缺口和被淘汰的丢失数据。在最后的数据集中共有667个位点。在MEGA6进行进化分析。许多研究报道了系统发育证实了来自巴基斯坦四个种类属于同一家族。目前的系统发育研究表明丽塔鲶与丽塔蓝鲶近缘关系密切，查尾鲇与口鲶近缘关系密切，月尾鳠与鮠科有血缘关系，魾与采自印度河的巨魾血缘关系密切。从系统发育研究中，通过基因育种和密切相关的种类的传统育种/杂交育种我们能够保存这些种类。以上研究结果将深化对于遗传水平上影响因素的理解，因而有力提升标记辅助育种中物种鉴别的效率。