甜瓜(Cucumis melo L.2n=24)属于葫芦科(Cucurbitaceae)甜瓜属(Cucumis)蔓生草本植物。甜瓜是世界上重要的果用蔬菜作物,自上世纪90年代以来甜瓜产业进入快速增长时期,甜瓜的种植和产量不断攀升。目前,我国甜瓜生产中普遍存在着由于同名异物或同物异名现象导致的品种真实性问题,以及良种繁育、加工、储运等环节把关不严所导致的品种纯度差等种子质量问题,出现这些问题的原因是多方面的,这些问题对瓜农生产影响巨大。为解决甜瓜种子经营中的纠纷与市场混乱问题,有必要建立我国甜瓜品种的核酸指纹库,为品种纯度与真实性鉴定提供技术支撑。同时由于中国作为世界上甜瓜第二大起源中心,种质资源非常丰富,加强甜瓜资源的基础研究十分必要,因此需要建立一个公共甜瓜种质遗传关系信息平台。本研究利用SSR分子标记技术,筛选出SSR核心引物,构建甜瓜品种(系)的指纹图谱库,旨在为甜瓜标准指纹数据库的构建提供理论依据,并且对鉴定甜瓜品种真伪以及种子纯度提供技术支撑。本研究利用20份具有代表性的甜瓜品种(系)筛选1219对SSR引物,得到多态性的引物470对。综合考虑扩增条带统计难易、多态性信息含量(PIC)、整合遗传连锁图谱(ICUGI,2011,http://www.icugi.org/.)等多种因素,最终选择其中18对扩增多态性丰富的引物作为核心引物对所有471份供试材料进行扩增,每对引物可以检测到4-14条数目不等的多态性条带,平均为9条；多态性信息含量(PIC)平均为0.68,变化范围为0.55-0.82。经过18对引物扩增后,分别对471个甜瓜品种(系)中的每一份材料建立了一个能区别于其它供试材料的指纹图谱代码,与此同时还为每份材料构建了一份指纹图谱QR编码,其中出现了17组具有相同指纹代码的材料,总共涉及到52份材料,占供试材料的11%,鉴别率达到89%。根据18对核心引物的162个位点,得到了471份材料的聚类分析图,相似系数在0.67-0.99之间。从中抽取其中的105份材料进行二次聚类,相似系数为0.70-0.99,在遗传相似系数0.79处可以将供试材料分为4类。结果表明,SSR聚类结果能较好反映供试材料亲缘关系。