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本研究应用微卫星DNA遗传标记技术,对5个马鹿群体(甘肃马鹿群体、青海马鹿群体、天青F1马鹿群体、天青F2马鹿群体和塔甘F1马鹿群体)170个个体的基因组DNA进行扩增、检测;分析了各基因位点等位基因大小及频率,计算了杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、Nei氏遗传距离(D_A)和Nei氏标准遗传距离(D_S),采用非加权组对算术平均法(UPGMA)和邻近结合法(NJ)构建了系统发育树,并对5个马鹿群体的8个微卫星座位的基因频率主成分进行了分析;对甘肃马鹿的遗传多样性以及与青海马鹿间的亲缘关系进行了研究,结果表明:10对微卫星引物在5个马鹿群体170个个体的基因组DNA中共有8个微卫星座位扩增出特异性条带,分别是BM203、BM888、BMS1248、TGLA226、BM1818、BM3628、BMC1009和BM1225;BM2320和MAF70没有扩增出目的片段。8对微卫星引物在170个马鹿个体基因组DNA中共检测出72个等位基因,平均每个座位的等位基因数为9个;数目最多的座位是BM888和BMC1009,为12个;数目最少的座位是TGLA226,为5个。8个微卫星座位在甘肃马鹿和青海马鹿群体中的平均等位基因频率分布相近,其中有7个座位具有相同的优势等位基因。甘肃马鹿在8个微卫星座位上的平均基因杂合度为0.7948,平均多态信息含量为0.7566。甘肃马鹿与青海马鹿的D_A遗传距离和D_S遗传距离相对于本研究中其他马鹿群体都最近,分别为0.0464和0.0227。聚类分析中甘肃马鹿与青海马鹿首先聚为一类;在主成分分析中,相对于本研究的其他三个马鹿群体具有更加相近的主要成分。本研究所涉及的甘肃马鹿群体具有较高的杂合度和多态信息含量,具有丰富的遗传多样性,遗传潜力大。其中8个微卫星位点在甘肃马鹿中均具有较高的多态性,可作为有效的分子标记运用于马鹿遗传多样性分析。甘肃马鹿与青海马鹿在分子水平上的分化不显著,遗传分化程度相对较低。仅从本研究结果来看,从微卫星角度分析,甘肃马鹿与青海马鹿有比较近的亲缘关系。