本论文首次研究了我国不同红树林近岸海域可培养破囊壶菌的多样性;对高产DHA的破囊壶菌菌株进行了筛选;对破囊壶菌生产脂肪酸的培养条件进行了优化;同时对破囊壶菌的脂肪酸制备的生物柴油的质量进行了评价;探讨了利用破囊壶菌工业化生产DHA和生物柴油的潜力。（1）采用直接平板法和花粉诱钓法,首次对我国不同红树林近岸海域的可培养破囊壶菌多样性进行了研究,并分离得到了200多个破囊壶菌单菌落。使用分子生物学和形态学方法,结合RFLP（Restriction fragment length polymorphism,限制性片段长度多态性）技术,成功鉴定了46个代表性破囊壶菌菌株,分别属于Aurantiochytrium、Botryochytrium、Parietichytrium、Schizochytrium和Thraustochytrium五个属,其中Botryochytrium和Parietichytrium sp.为第一次从我国近岸海域被分离鉴定。（2）采用尼罗红染色法和气相色谱（GC）法对DHA高产菌株进行了筛选,并对高产菌株的脂肪酸组成进行了分析。结果表明高产菌株的脂肪酸组成比较简单,主要为二十二碳六烯酸（DHA）和棕榈酸（C16:0）,部分菌株中两者之和占总脂肪酸的80%以上。在这些高产菌株中,50%以上菌株属于Aurantiochytrium属,揭示了该属高产DHA的特性。（3）研究了培养条件对Schizochytrium sp.PKU#Mn4和Thraustochytriidae sp.PKU#Mn16生长和脂肪酸累积的影响。结果表明,碳源、氮源和转速对两株菌的生长、多不饱和脂肪酸（PUFAs）和饱和脂肪酸（SFAs）产量均具有显著性影响（P＜0.05）。对两株菌工业化生产DHA和生物柴油的潜力进行了研究,结果表明两株菌均具有工业化生产DHA和生物柴油的潜力。并且PKU#Mn4的脂肪酸制备的生物柴油满足美国标准ASTM6751,是工业化生产生物柴油的优良菌株。本论文首次对两株不同属的破囊壶菌生产生物柴油的发酵条件进行了全面优化,为生物柴油的大规模生产奠定理论基础。（4）对Schizochytrium sp.PKU#Mn4和Thraustochytriidae sp.PKU#Mn16大规模发酵生产DHA和生物柴油的可行性进行了研究。结果表明,在补料分批发酵方式下,两株菌的DHA最大产量分别比条件优化前提高了2.5倍和2.2倍;饱和脂肪酸最大产量分别比条件优化前提高了4.4倍和4.8倍,说明两株菌均具有大规模发酵生产DHA和生物柴油的潜力,摇瓶培养生产PUFAs和SFAs的最优条件同样适用于其大规模发酵生产。