中国政府现已将环境保护定义为一项关系到未来可持续发展的基本国策,流域水资源、水环境和水生态综合管理更是成为现代国家治理的重要领域。但是随着近些年水环境形势复杂,水污染事故频发,人们开始对现行水环境监管机制进行反思,试图优化现行水环境监管机制,以改善当前监管不力的状况。因此急需综合分析我国跨行政区水环境监管机制存在的问题,并针对现存问题提出有针对性的建议,从根本上解决我国跨行政区水环境监管中出现的实践难题。文章第一部分梳理了我国水环境监管的主要模式,即区域监管模式、统一监管模式及混合型监管模式。简要介绍了三种模式的具体内涵,并结合海南省河长制运行体系具体阐释我国河长制的创新之处。第二部分揭示了我国跨行政区水环境监管机制存在的问题:即跨行政区水环境监管立法不完善、跨行政区水环境部门间职能设置和协同合作机制有所欠缺、流域管理机构及统筹监管机制运行不畅、跨行政区水环境监管考核问责机制不健全、跨行政区水环境监管社会参与度低五个方面的问题。第三部分是针对以上五方面问题,梳理分析出如下对策:第一,完善跨行政区水环境监管立法,通过借鉴国外水环境跨区监管专门立法,完善我国跨行政区水环境监管法律体系;第二,整合跨行政区水环境监管各部门力量,在借鉴国外水环境跨区综合监管体制的基础上,健全水环境跨区监管机构设置并推进部门间协同化监管;第三,完善水环境监管机构统筹合作机制;第四,完善跨行政区水环境监管考核问责机制,完善刑事责任追究制度;第五,切实保障社会公众参与水环境监管,充分发挥第三方服务在跨行政区水环境监管中的作用并引入专家咨询机制以完善水环境监管体系。