【摘 要】
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随着人类基因组计划的完成,生命科学领域也进入了后基因时代。而基因和蛋白质也成为生命科学研究的重点之一。过去,生物科学家们关注的是单一的基因或蛋白质。现在,尤其是将
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随着人类基因组计划的完成,生命科学领域也进入了后基因时代。而基因和蛋白质也成为生命科学研究的重点之一。过去,生物科学家们关注的是单一的基因或蛋白质。现在,尤其是将来,科学家们将把工作的重心放在DNA序列信息,蛋白质结构信息,以及他们的相关关系上面。为了在不同层面和角度描述生物信息,很多科学家进行了基因和蛋白质统计关系以及数学关联问题的研究,生物信息学的飞速发展给科学家们带来的新的挑战。计算分子生物学主要用于研究这些内容。计算分子生物学是一门交叉学科,涵盖数学、计算机、生物科学。其主要研究内容为基因与蛋白质序列的相互联合关系。其核心内容就是序列比对、序列分析、生物信息数据库、基因识别、进化树的构建以及生物分子结构预测等等。随着人类研究生命科学技术不断进行,不断有新的分子序列数据被产生出来了,同时它们又推动生物信息学的发展对这些序列数据进行科学的分析、处理可以。序列分析是生物信息学中的基本操作,通过分析序列之间的相似性可以预测它们之间的结构和功能关系。本文将在图形表达的基础上对DNA序列进行进化分析研究。图形表达是序列分析的重要方法。DNA序列的图形表示方法为研究DNA序列提供了重要手段,利用图形表示方法描述基因序列具有直观性和计算简单等优点,这样相对于传统的研究方法,大大缩短研究的进程。本文我们提出一种基于蛋白质中的20种氨基酸和一个终止代码,也即核苷酸三联体的DNA二维图形表达方法,对序列进行形象而直观的描述。在这种二维图形表达的基础上,对序列进行相似性分析,并运用UPGMA方法构建进化树,对24种冠状病毒基因组进行进化分析。进化距离源于计算序列的二维曲线的差异性。相比于现有一些进化分析方法,我们的方法不需要多序列比对。进化分析表明我们的图形表达方式是有效的。
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