自然资源为人类生存与发展提供了基本的物质资料。人们期待,自然资源的开发使用应该是有效率和可持续性的,以实现人与自然的和谐;更应该是公平公正的,以实现社会的和谐。在我国,特许使用是行政机关行使自然资源国家所有权、配置自然资源使用权的重要方式。以自然资源特许使用为主题,本论文主要立足于理论建构与制度分析两个层面来展开研究,其逻辑是以基本概念的探讨为起点,进而分析自然资源特许使用的主要理论议题,最后围绕《行政许可法》研究两大主要的制度问题。行政特许,又被称为特许或特别许可,是一个被立法机关所采纳的概念,但是在不同的法律规范中其内涵并不一致。长期以来,学术界对行政特许概念的界定存在较大的分歧。通过对比域外行政特许理论、梳理我国涉及行政特许概念的法律规范,并以《行政许可法》为基本依据,本文认为,就性质上讲,行政特许是赋权行为,一般行政许可是解禁或证权行为。笼统地将行政许可性质定性为赋权、解禁或者证权都是不科学。以此为基础,自然资源特许使用则可被认为是行政机关以自然资源国家所有权为基础,赋予相对人自然资源使用权的一种行政行为。它是在行政特许行为之下与公共资源特许使用、公用事业特许经营相并列的行为。尽管本文把国家所有权或经营垄断权作为行政特许的依据,但是,关于自然资源特许使用的权源到底是自然资源国家所有权抑或警察权,理论界亦存分歧。从特许行为与自然资源使用费的性质,以及自然资源管理权与自然资源警察权之区别等方面,都可充分证明自然资源国家所有权是自然资源特许使用的权源。而自然资源国家所有的必要性以及自然资源国家所有权的公法属性之证成,更加进一步夯实了自然资源特许使用行为的正当性与合法性基础。虽然行政特许是自然资源配置使用的重要手段,但这并不意味着所有的国有自然资源都应该以特许使用的方式予以配置。自然资源承载着公益目的,单一的特许手段可能会导致资源配置使用上的“社会达尔文主义”,质言之,自然资源特许使用应该有其适用范围。限定自然资源特许使用适用范围的角度选择,不应该只以“内化负外部性”为标准,而应从自然资源的根本目的——使社会公众获得合理、公正的自然资源使用权为出发点。以该权利为基础,可以将国有自然资源的使用形态分为自由使用、习惯使用与许可使用(包括一般许可使用与特许使用)。无论是公产类的国有自然资源还是私产类的国有自然资源都可能对应多种使用形态,从而会产生使用形态的选择冲突。为了更有效地保护公众的自然资源使用权,应该确立自由使用、一般许可使用、习惯使用优先于特许使用的标准。籍此,自然资源特许使用的适用范围也就得以明确。相比一般行政许可,自然资源特许使用的实施方式颇具特色。根据《行政许可法》第53条的规定,自然资源特许使用的实施方式可以分为竞争性出让与非竞争性出让。竞争性出让作为自然资源特许使用的原则性实施方式被《行政许可法》所确立,但这种方式也可能存在某些负面的作用,所以非竞争性出让也就有存在的空间与必要。检讨我国自然资源特许使用实施方式的现状,可以发现尚有某些地方与《行政许可法》的立法精神不一致,自然资源单行法对特许使用实施方式的规定也比较混乱。为此,在立法层面上应加紧对相关规定的修改,实务中行政机关应正确处理各种特许使用实施方式之间的选择关系。对被许可人来说,行政机关赋予其自然资源使用权固然使其获得了一种权利,但同时也需要承担其相应的义务。对行政机关而言,则需通过特许使用法律监督来保证自然资源特许使用目的的实现、自然资源市场秩序的稳定以及国家公共政策的实施等。关于自然资源特许使用法律监督,至少要关注三个方面的内容,一是合理设置特许使用监督机构,原则上应实现特许使用决定机关与监督机关的统一,尽量减少纵向分离现象;二是监督内容主要为自然资源使用权的行使及其流转,对于流转监督,监督机关应在充分尊重市场机制的基础上适度管制;三是明确自然资源特许使用协议的公法性质,发挥其在法律监督中的积极作用。