创新生态系统是以生态学的理念来考察创新系统而形成的概念体系,本质上是“创新系统”的“生态学隐喻”；它的提出和兴起,既是创新模式演进的规律使然,也是全球创新实践的共同选择。近年来,学术界和实践界掀起了对“创新生态系统”的研究热潮和持续关注,但从“演化”的视角来审视区域或城市创新生态系统的研究还是一个亟待开发的学术领域。基于此,本文尝试从生物进化视角揭示创新生态系统的特征、要素、结构、功能及其演化的一般模式和动力机制；参照演化经济地理学和关系经济地理学的分析逻辑,构建创新生态系统演化的要素E-关系R-功能F三维模型(ERF模型),并以上海城市创新生态系统为例,从构成要素(创新物种)、网络联系(创新网络)、系统功能(创新功能)等三个层面,探讨其演化发展的具体路径和模式；同时,设计城市创新生态系统系统演化成熟度的评价指标体系,对其演化状况进行综合测度；最后,从政府公共治理的视角提出推动上海创新生态系统良性演化发展的基本思路。全文主要内容如下：首先,从创新生态系统提出的背景及国内外研究现状出发,梳理阐释了生态系统、演化经济地理学、自组织理论以及复杂适应系统理论的基本概念、主要观点、发展脉络及其分析框架。在此基础上,通过对比分析创新系统和创新生态系统,详细论述了创新生态系统的基本内涵、构成要素、结构模型及其主要功能。创新生态系统是在一定时空范围内,创新主体(群落)与创新环境之间通过复杂的知识、技术、文化关系相互作用、相互依存而形成的一个具有一定大小和特定结构的功能复合体,是一个开放的复杂适应系统。创新生态系统具有知识生产、知识应用、知识扩散、发展驱动和文化引领等功能,一般由知识生产群落(大学和科研院所等创新机构,也包括一些具有知识生产功能的企业研究机构)、知识应用群落(主要是各类企业)、知识扩散群落(主要是指各类服务机构和组织)和创新环境要素(经济、政策、社会文化、自然环境等)构成。第二,基于“演化”的基本要义,分析梳理了创新生态系统演化的基本规律。作为一个典型的复杂适应系统,创新生态系统的演化具有不可逆性、协同性、路径依赖性和阶段性等特征,一般可分为形成期、成长期、成熟期以及衰退期或再生期等几个阶段。演化过程和路径通常受到不同因素和多种动力的共同作用。创新生态系统演化的影响因素包括6类：一是创新组织(大学、高校、科研院所及中介服务机构等)自身进化因素,二是科技进步因素,三是经济社会因素,四是创新政策及体制因素,五是创新文化环境因素,六是自然生态环境因素。创新生态系统演化的动力机制包括：一是技术拉动,即科学技术进步对创新主体发展及整个创新生态系统演化的拉动；二是市场推动,即创新产品或创新需求所带来的市场发展变化,从而推动创新主体及整个创新生态系统在不断适应市场变化中发展演化；三是政策促动,在创新生态系统的形成发展中,政府的创新管理体制、激励机制和扶持政策起着非常重要甚至关键性的作用；四是环境扰动,即创新生态系统的演化发展往往受到其所在区域社会、经济、文化以及自然生态环境的干扰和影响。第三,参照演化经济地理学的理论逻辑,分析建构了创新生态系统演化的ERF模型。演化经济地理学认为,演化分析可从微观的组织、中观的网络和宏观的系统三个维度展开。据此,文章建构了创新生态系统演化的集“微观要素E(Element)"-“中观关系R(Relation)"-“宏观功能F(Function)"于一体的3D模型(ERF模型)：在微观层面或要素(Element)维度,主要表现为创新组织(创新物种)等构成要素的进化,多样性和优势种是其演化的双重逻辑；在中观层面或关系(Relation)维度,主要表现为创新要素(创新组织)所形成的结构关系即系统内部创新网络的变动,地方化和全球化是其演化的两个向度；在宏观层面或功能(Function)维度,主要表现为整个创新生态系统功能的不断发展,集聚和扩散是其演化的两大机制。基于ERF模型,设计了创新生态系统演化成熟度的综合评价指标体系,该指标体系由“创新要素(物种)演化指数”、“创新关系(网络)演化指数”、“创新功能演化指数”等3个一级指标、8个二级指标和21个具体指标构成。第四,运用创新生态系统演化的ERF模型,对上海城市创新生态系统演化的路径、模式和成熟度进行了实证研究。总体而言,上海创新生态系统处于高阶演化状态,呈现五大演化特征：一是创新物种多样与优势物种缺乏并存,二是政府强势主导与普惠政策不足并存,三是创新开放度较高与自主创新不足并存,四是环境包容性不够与生态错位乱象并存,五是创新资源丰富与支撑发展不够并存。从创新物种演化看,科研院所、高校和科技型企业在市场转型中的适应能力逐步增强,但也打上了政府强势干预的“烙印”；从创新关系演化看,创新生态系统的内部网络和外部联系逐步增强,地方化和全球化在博弈中逐步均衡,集聚和利用全球创新资源的能力得以提升；从创新功能演化看,科技与经济两张皮现象依然突出,科技成果转化和研发产业是促进科技与经济融合的重要突破口。最后,从政府公共治理的视角,研究提出了促进上海城市创新生态系统演化发展的基本思路。创新生态系统的演化发展虽有其自身的规律和路径,但政府作为创新生态系统中最能动的参与主体,可以对创新生态系统的演化进行调控,从而使其朝着更加良性的方向发展。上海应培育与具有全球影响力科技创新中心相适应的创新生态系统,要注重培育创新优势种、提升创新包容度、延伸创新食物链。