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应用单因子方差分析、聚类分析、主成分分析和判别函数等方法分析了采自厦门、青岛和日照白氏文昌鱼的3个种群的形态,测定了这三个种群的Cyt b、COI及16s rRNA的基因序列,同时从GeneBank上选取了日本文昌鱼的三个基因片段序列,探讨了四个群体的亲缘关系及分类地位。结果如下:1.对文昌鱼三个种群的文昌鱼进行的单因子方差分析发现,三个地区的文昌鱼种群的19个形态特征的平均值均存在显著差异,种群间的差异大于种群内的差异,并且发现青岛和日照群体的差异小于厦门与两者之间的差异。聚类分析的结果表明,三个种群的文昌鱼可分为两个大的类群,类群1主要由青岛样本组成,类群2主要由厦门样本组成,日照群体在两类群都有分布;主成分分析发现,前四个主成分的累计贡献率达到83.86%,第一主成分的贡献率为60.42%,主要受全腹褶长、肛前长和腹孔前长的影响,其他三个主成分的贡献率分别为9.18%、7.2%和7.07%;前三个主成分分布图也能分成两个大的类群:青岛和日照群体构成一类群,而厦门单独构成另一类群;以判别分析建立的判别函数,对三个不同群体的综合判别率为98.8%,其中有一条日照文昌鱼被误判到青岛群体中。2.比较厦门、青岛、日照及日本文昌鱼Cyt b、COI和16s rRNA发现,三个片段的分析结果高度一致,多种系统树都将这四种群分成两个类群,厦门文昌鱼与其它三个分离,单独形成一个类群,其余三个群体形成一个类群。厦门与其它三个群体的遗传距离::Cyt b为0.21,COI为0.18,16s rRNA为0.17,这三个数值均以达到种间的遗传距离;而青岛、日照和日本三者之间的遗传距离在0.00～0.01之间,因此这这些群体应属于同一个种。所有结果都显示,厦门文昌鱼与其它三者之间的遗传差异已达到种间水平。因此本文支持厦门文昌鱼与青岛及日本文昌鱼为两个种的观点。