交通运输业在国民经济中占有重要的地位,而其中的水上运输业的稳定发展与我国进出口贸易业务的发展息息相关,对于改善我国产业结构也有重要影响。然而,在2008年全球金融危机后,国际航运市场开始走低,出现供过于求的局面。目前我国近一半的干散货海运企业长期处于亏损状态,而且企业的资金流长期处于紧绷的状态。水上运输企业面临着较为严峻的市场形势,内部经营管理状况亟需改善,因此探索如何降低企业成本和优化企业业务结构以提升其利润率具有实际意义。本文主要分为六个部分:一是分析本文的研究背景,说明本文的研究目的,并对现有的与交通运输业“营改增”相关的研究文献进行归纳分析;二是阐述相关的基础理论,进而得出本文的理论框架;三是从基础设施建设与固定资产投资、业务完成情况、相关产业政策几个方面对我国水上运输业的行业现状进行分析;四是以水上运输业上市公司2010~2016年年报数据为样本,将企业收入分为装卸堆存业务收入、港务管理业务收入与运输业务收入,从税收对企业经营效率的影响与流转税税负对企业业务结构的影响两方面进行实证研究;五是总结实证研究的结果,并结合水上运输业的发展现状和未来机遇,对水上运输企业的经营管理提出有效建议;六是总结本文的结论,即“营改增”后水上运输企业的流转税税负增加了,而在一定程度上提升企业装卸推存业务与运输业务占比、降低港务管理业务占比有利于减轻企业流转税税负,然后说明本研究存在的不足之处,由此提出未来的改进建议和进一步研究的方向。