美国与巴基斯坦在冷战期间曾两次结为同盟，但最后均以巴基斯坦被无情抛弃而结束。“9·11”事件将巴基斯坦推向了反恐战争的最前沿，在美国政府的压力之下巴政府断绝了与塔利班的关系，在反恐领域与美国展开合作，开始了美巴第三次结盟。随着反恐战争的不断推进，美巴两国在取得诸多反恐成就的同时，矛盾与分歧也在不断加深。巴基斯坦是核武国家，但在巴国内局势急剧动荡的情况下，巴方能否确保核武库的安全、有效防止核扩散成为美国的一大担忧。自1947年分治以来，印巴两国长期对峙，处于弱势地位的巴基斯坦正是借助与美国结盟来增加自身对抗印度的砝码。冷战后，美国“重印轻巴”的外交趋势十分明显，2008年生效的《印美民用核能合作协议》更是引发了巴对印美关系发展的质疑与不安。在美军将于2014年撤离阿富汗的大背景下，印巴两国在阿富汗的争夺意味明显。长期以来，巴基斯坦三军情报局利用活跃于克什米尔地区的武装分子来对抗印度，在阿富汗问题上巴方也在复制克什米尔的斗争模式。而巴方对极端分子的纵容与利用，也深刻影响着美巴关系的发展。尽管如此，确保阿富汗局势的稳定，巴基斯坦仍然是一支最重要的力量，美国在相当长的时间内仍需要巴基斯坦在地区问题上的配合。可以预见，美军撤离阿富汗后，美巴关系将逐步降温，但双方仍将在阿富汗等问题上长期保持接触与合作。