现代高科技企业中,跨部门协同与创新绩效的关系越来越受到学术界的关注。创新是高新科技公司前进和发展的不竭动力。跨部门协同创新活动的潜在价值巨大,但是需要打破部门间的壁垒,并且需要消除部门出于自身考虑带来的负面影响。本文以Q公司为研究对象,分析Q公司在跨部门协同创新过程中遇到的问题和障碍,第一阶段提出部门间协同创新博弈模型,分析并得出部门协同时博弈的均衡点,并详细分析协同效率因子对部门收益以及公司整体收益的影响;第二阶段研究激励与约束机制,提出采用夏普利值法对部门间的协同创新收益进行科学分配,能够同时满足部门的需求和公司的需求,达到个体合理性和整体合理性,在效率和公平上满足博弈参与者的要求,使得各部门能够自动自发地参与到跨部门协同创新活动中。本文最后对提升跨部门协同创新和提升部门间效率与公平提出了建议,希望能够对高科技企业提供管理借鉴。