薛凤祚作为一名古代科学家,在能精于历算的同时也能够兼涉多家之长,这种卓越的个人能力对于研究者来说是非常值得重视的。而且明清之际正处于政局动荡时期,政治领域的变化随之引起了思想文化领域的改变,由此众多知识分子的思想也随之发生变化,再加上西方传教士等陆续来华,在这样复杂的大环境下,有深厚家学渊源的薛凤祚在相继接受了儒家思想和理学思想的熏陶后又学习了传统的天文历算,在受到致用之风的影响下又吸取了西方天文历法等知识的精要,这对薛凤祚之后的发展产生了重大影响。各种知识的学习让薛凤祚见识广博并深有所得,进而在水利地理方面也颇有心得,于是在清前期著成了《两河清汇》一书。《两河清汇》是在他亲历黄运两河后纂成,用时将近六年,可见薛凤祚在编写这部著作过程中注入的精力。在《两河清汇》的编写过程中也运用了多种体例,但可惜的是由于多种原因让《两河清汇》没有形成广泛影响,也因此让后世看到当时时局的无奈和社会的境况。《两河清汇》这部水利专著内容丰富,根据各地方自然或社会形势的不同,又针对黄运两河的现状提出了具体治理措施,在这些措施中不仅包括对河流的挑浚,防御工程的修补,还包括各种资源的配备要求,这对于治理当时的黄运两河有重要的参考价值。河渠的管理在这部专著中也有所体现,无论是河渠管理机构和人员的设置,还是治水过程中的消耗的各类经济资源,以及河渠管理的过程中的巡守,薛凤祚都据实提出了建议。而且在《两河清汇》中,薛凤祚还提出了关于行海运的看法,即使存在实施难度但却不失为极具远见性之策。由此可见这部著作的丰富内容具有重大的水利研究价值和参考意义。《两河清汇》辑录了大量前人的治水经验,极大地丰富了黄运两河及清代水利的资料,是书作为薛凤祚水利研究的代表著作,不仅具有极高的史料价值,也为我们研究薛凤祚的水利思想提供了重要理论依据,薛凤祚在《两河清汇》中的实用主义、忧患意识、科学主义以及会通主义都是他水利思想价值的体现,所以《两河清汇》无论是针对薛凤祚本人或《两河清汇》中明清之际的水利研究都具有重要的探究价值。