DNA甲基化的调控在发育中起着非常重要的作用。哺乳动物受精后的胚胎发育中发生大规模DNA去甲基化。DNA去甲基化可以通过主动和被动方式进行。根据免疫荧光染色和简化代表性亚硫酸氢盐测序(RRBS)得到的结果,之前的假说认为受精后父源DNA的甲基化修饰被主动氧化后,依赖其氧化产物的被动稀释进行去甲基化；而母源DNA不被氧化,在甲基化维持机制不完全工作的情况下,依赖DNA复制而被动去甲基化。但是,由于实验精度有限,并且无法区分父源和母源DNA,这些结果可能并不能全面而精确地反映出早期胚胎发育中DNA去甲基化是如何进行的。通过对小鼠配子及杂交胚胎的全基因组亚硫酸氢盐测序,我们得到能够区分DNA亲本来源的单碱基分辨率的甲基化图谱,二细胞时期的5-羟甲基胞嘧啶(5hmC)、5-醛基胞嘧啶(5fC)图谱,以及E13.5时期的原始生殖细胞的甲基化图谱。分析发现在二细胞时期5hmC和5fC不仅存在于父源DNA,也存在于母源DNA,暗示了母源DNA上主动去甲基化的发生。同时,从配子到四细胞时期,在大多数去甲基化CpG位点中,主动去甲基化参与了这些位点5mC的移除或修饰,并且父源DNA的去甲基化不主要依赖5mC氧化产物的被动稀释。因此,在小鼠早期胚胎发育过程中,不仅父源DNA,相当一部分的母源DNA也发生了主动去甲基化。此外,所有已知的印迹调控区被归类为生殖细胞印迹调控区或体细胞印迹调控区。