由于生活水平的提高,消费者开始更多的追求优良的肉质品质。而驴肉作为中国的传统优质肉类,具有肉质鲜美等特点,重新走进消费者的视线,引起了广泛的关注。肌内脂肪（Intramuscular fat,IMF）是决定肉质的重要标准之一,其含量与肉的多种性状密切相关。我国养驴历史悠久,地方驴品种丰富,但关于驴肌内脂肪沉积研究的相关研究基本空白。因此,本试验以广灵驴为研究对象,对不同肌内脂肪含量的广灵驴进行转录组测序及代谢组分析,筛选不同肌内脂肪含量的广灵驴的差异表达基因,结合差异代谢物进行关联分析,从分子水平上揭示不同肌内脂肪含量的广灵驴个体的遗传差异,为进一步研究广灵驴的分子育种提供了理论依据。本研究主要结果如下:（1）对10头广灵驴的背最长肌进行肌内脂肪含量的测定,根据其肌内脂肪含量的高低分为两组进行转录组测序（RNA-Seq）,低脂组（L,n=3）与高脂组（H,n=3）,组间差异极显著（P<0.01）。两组（H组和L组）共检测到167个差异表达基因,其中上调基因共64个,下调基因共103个。通过GO功能富集分析表明,这些差异表达基因（ITGAL、MAPK、WNT10B、DLK1、SCD、DGAT2和CIDEA）在细胞间粘附、脂肪细胞分化及中性脂质代谢过程等生物合成过程富集。通过KEGG通路分析发现,这些差异表达基因在花生四烯酸代谢、HIF-1信号通路和AMPK信号通路中富集。此外与脂肪分解代谢（LEPR）和肌肉分化相关的差异基因（DGKA和VEGF）在H组中的表达减低。随机选取7个参与上述通路的差异表达的基因（DGAT2,SCD1,LEPR,DLK1,WNT10B,CIDEA,DGKA）进行q PCR验证,qPCR结果与RNA-Seq结果相一致（R2=0.984）。（2）利用UPLC-MS/MS技术对不同肌内脂肪含量的广灵驴的背最长肌进行代谢组分析。结果表明,在L组和H组中检测到591个代谢物,共72个差异代谢物（Fold-Change≥2或Fold-Changes≤0.5且VIP≥1）,27个上调,45个下调。在这些差异代谢物中脂质（主要包括磷脂、氧化脂质和脂肪酸等）、氨基酸、有机酸及其衍生物和核苷酸及其衍生物等的代谢产物所占比例的最多,是L组和H组之间的主要差异代谢物。进一步进行代谢组和转录组数据的关联分析,结果表明,在差异表达基因和差异代谢物之间共有35条共富集通路,包括甘油磷脂代谢和不饱和脂肪酸的生物合成通路。其中在不饱和脂肪酸的生物合成方面,多种多不饱和脂肪酸（PUFA）包括二十二碳六烯酸（DHA）和花生四烯酸（AA）含量在H组中下调。而多种饱和脂肪酸（SFA）和单不饱和酸（MUFA）的含量在H组中发生了上调,主要包括二十烷酸（20:0）和棕榈油酸（16:1）。这些代谢物与SCD基因的表达密切相关。在甘油磷脂代谢途径中,溶血卵磷脂酰胆碱16:0、甘油-3-磷酸（G3P）和溶血磷脂酸（LPA）的含量在H组中下调。这些结果有助于日后进一步探究驴体内IMF沉积的分子机制,为广灵驴的分子育种提供了理论依据。