当前，随着经济全球化的发展，各国普遍面临着知识经济时代的挑战。科技创新越来越成为经济增长的推动力，国家间综合国力的竞争已演变为国家创新体系的竞争。因此，建立与完善国家创新体系，加强自主创新能力，走创新型发展道路，已经成为世界许多国家共同选择。医药产业既是关系到国民健康和社会稳定的特殊产业，又是技术和知识密集型产业。随着社会进步和生活水平的不断提高，社会对医药产品的需求持续旺盛，医药经济一直高速增长，医药产业已成为众所周知的“朝阳产业”。在国家发展战略性调整、构建和谐社会和建设创新型国家的战略框架下，医药产业应当成为支撑经济和社会发展的重点产业之一，而医药产业国家创新系统的完善程度直接影响全国医药产业发展和该产业在全国产业格局中的地位，因此，研究如何建立和完善我国医药产业创新系统具有十分重要的现实意义，对全国医药产业发展具有重要的战略指导意义。医药产业国家创新系统的建立与发展是以创新理论、创新系统理论为基础，是这些理论的继承与发展，也是这些理论在医药产业中的实际应用。本论文首先对创新理论、创新系统理论作了简要回顾和追踪，包括创新理论的渊源、提出及其发展，并进行了评价，指出了现有创新理论的贡献与不足；创新系统理论是创新理论的发展，本文重点回顾了国家创新系统理论，指出国家创新系统理论开创了研究多个创新主体相互作用的新局面，并将创新提高到决定国家、社会和经济发展的高度。其次，本文以创新理论、创新系统理论为指导对美、日、德等国家医药产业创新体系的构建与发展加以总结，利用SWOT分析法对我国医药产业科技创新状况进行了详细地分析，同时分析了创新系统理论对于构建我国医药产业创新系统可供借鉴的思想和应当注意的问题。再次，在上述理论和现实情况研究的基础上，本文设计了我国医药产业创新系统理论模型。在该模型中，医药产业国家创新系统体现出了企业的主体地位以及创新机构之间如医药企业与医药大学、医药科研机构的互动关系，而且这种互动是一种按照实际需求建立起来的非永久性的协作。还有医药创新资源和管理系统，其中创新资源包括创新人才、创新资金、专利、知识与信息，它们是一个统一的整体，而创新人才是创新之本，也突出了它的中心位置。再次，本文提出设计我国医药产业创新系统模型的战略目标：在创新模式上，能实现新药研究由“仿”向“创”的转变；在创新的动力机制上，能建立和完善新药研发的协调和投入两大主体机制；在创新组织上，能加强科研院所和企业结合，构建和完善强有力的国家创新药物研发实体；在创新的支撑层次上，能实现新药研发专利保护和技术标准建设；在创新内容上，能实现知识、技术、人才、体制和管理五大创新目标。最后，本文提出我国医药产业创新系统有效运行的基本措施与方法，包括：充分发挥政府在医药创新系统发展中的主导作用；拓展投资、融资渠道；大力挖掘科技潜力，提高医药科技人员的积极性；建立我国医药科技信息体系；建立科学合理的技术评价体系；加快我国医药行业的技术标准建设；大力发展中介服务体系以促进科技成果转化；加强企业内涵建设，激活我国医药企业创新的能量和健全医药市场机制等。党中央、国务院做出的建设创新型国家的决策，是事关社会主义现代化建设全局的重大战略决策。构建我国医药产业创新系统的根本目的就是要进一步提升我国医药科技创新能力，推动医药产业跨越式、可持续发展。