三叶蹄蝠(Aselliscus stoliczkanus)隶属于翼手目(Chiroptera)蹄蝠科(Hipposideridae)三叶蹄蝠属(Aselliscus)，在我国分布广泛，该物种体型较小，迁飞距离短，由于其分布区内各种地理障碍的阻隔，不同地理种群之间可能产生分化，但迄今未见关于不同地区三叶蹄蝠形态及分子序列差异综合比较的研究，不同地理种群的分化程度并不清楚。为了探讨不同地区三叶蹄蝠的差异以及分化程度，2013年至2016年，在云南、贵州和广西三省进行了广泛的野外调查和取样，采用比较外部及头骨形态与分子序列分析相结合的方法，探索中国三叶蹄蝠的分类现状。共测量了三叶蹄蝠的16项外部形态和18项头骨形态指标，利用SPSS20.0软件对数据进行数理统计分析;利用mtDNA的Cyt b及COⅠ基因序列构建系统发育树，分析亲缘关系。此外，还对有三叶蹄蝠栖息的洞穴结构及微环境进行了测量和研究，以期为翼手类动物的保护和研究提供基础性资料。结果如下:　　1、对云南、贵州和广西三地三叶蹄蝠的外部及头骨形态指标进行单因素方差、主成分及判别分析:单因素方差分析结果表明，三叶蹄蝠雌雄个体间的外形和头骨差异较小，而不同地理种群间的差异显著;主成分分析结果显示，在外部形态上，不同地区的三叶蹄蝠种群存在重叠现象，但在头骨形态上，三地种群彼此间的差异较大，能够彼此分开;判别分析结果表明，云南、贵州和广西三地种群的外形和头骨均存在较大的差异;广西三叶蹄蝠的头骨特征与近期报道的新种A.dongbacana相近。　　2、广西与云南、贵州两地三叶蹄蝠样本的Cyt b序列差异分别为12.1％-13.2％和11.0％-11.4％，COⅠ序列差异分别为12.4％-12.8％和14.0％，该差异水平均已达到种间水平;在COⅠ序列构建的系统发育树上，广西三叶蹄蝠与A.dongbacana聚为一支，序列差异最大为3.2％。根据形态及分子序列差异，可以确定广西的三叶蹄蝠为A.dongbacana，属中国新纪录，该研究结果已发表在Journal of Mammalogy。云南与贵州三叶蹄蝠之间的Cyt b及COⅠ序列差异分别为5.7％-6.3％和6.4％-6.7％，该差异超过亚种分化水平，云南与贵州的三叶蹄蝠应为不同的亚种。根据序列差异及系统发育树的结果，中国的三叶蹄蝠A.stoliczkanus包含三个亚种。　　(1)云南西南部和中部的大理、临沧、保山及昆明的三叶蹄蝠种群。　　(2)云南南部、贵州西部及四川重庆地区的三叶蹄蝠种群。　　(3)贵州东部荔波县的三叶蹄蝠种群。　　3、对三叶蹄蝠栖息的洞穴特征和微环境进行统计分析，单因素方差分析和卡方检验结果显示，有三叶蹄蝠栖息的洞穴和无三叶蹄蝠栖息的洞穴相比，有三叶蹄蝠栖息的洞穴，具有较高温度和湿度，其入口和洞室较多，洞道较低且窄。三叶蹄蝠繁殖洞穴的温度和湿度均大于非繁殖洞穴，洞穴较长，距水源点的距离较近，而距居民点较远，干扰程度较低。冬眠洞穴与非冬眠洞穴相比，前者洞室数更多，洞穴较长，光照度一般较低，并且距干扰源较远，干扰程度低而温度和湿度的差异则不太明显。主成分分析表明干扰程度、洞穴位置和洞穴结构是影响三叶蹄蝠洞穴选择的主要因素。　　4、中国三叶蹄蝠的种群数量正在急剧减少，建议尽快采取科学合理的保护策略。