随着国际贸易的广阔发展和科学技术交流的日益频繁，知识产权已经与国际贸易紧密相连，其中知识产权的侵权问题亦逐渐演变为国际贸易中的突出问题。而我国已经加入世界贸易组织，保护知识产权，禁止侵权货物的进出口不仅是我国遵守TRIPS协议的一项重要承诺，也是我国维护国际经济秩序的必要措施。经过近二十年的发展，我国的知识产权边境保护制度经历了从无到有、从不完善到相对健全的发展历程。知识产权边境保护已经成为我国海关的一项日益重要的职责，相关法律法规日渐完善，海关执法成熟高效，查获了一大批的侵权嫌疑货物，成绩显著。但同时，我国知识产权边境保护制度也存在不足，研究如何进一步完善我国知识产权边境保护制度体系，提高海关执法效能，保护知识产权权利人的合法权利，在中国提出知识产权战略纲要，号召建设创新型国家的今天，具有非常重要的意义。本文共分五个部分：第一章对知识产权边境保护制度做一个全方位的介绍，主要论述相关的概念、特征和法律性质。第二章对知识产权边境保护制度进行国际考察，主要通过对《TRIPs协议》、美国337条款、《欧盟条例》等知识产权边境保护制度的研究，期望得出对我国有益的借鉴。第三章是对我国知识产权边境保护制度进行介绍，主要介绍我国知识产权的行政保护，并论述我国知识产权边境保护制度的法律渊源、主要内容，总体我国近几年知识产权边境执法情况，指出其中的不足。第四章详细论述我国知识产权边境保护的执法困惑，包括：知识产权权利人滥用权利的现象广泛存在、专利权边境保护效果不佳、中国特色的知识产权海关备案制度存有争议、知识产权纠纷解决方式难以适应现实的需要、邮递快件渠道侵权状况日益严重等。第五章结合外国先进关税区的知识产权边境保护制度与我国知识产权经济的现状，综合笔者在海关工作的实践经验，针对我国海关执法的五个困惑，分别给出完善建议。