清代是书院儒学传播的最重要时期之一。在这一时期,书院与儒学的一体化达到了最高峰。清代书院数量庞大、类型多样、制度成熟,呈现出官学化、普及化、层次化及藏书丰富等特点。清代儒学的发展也是跌宕起伏。清初,程朱理学得以复兴并居于国家意识形态的地位；清中叶,考据学成为当时的学术主流；清代晚期,经世思潮兴起,汉宋兼采成为士人学者的主要选择。清代书院的儒学传播可分为面向士人的日常教育和面向地方社会的儒学传播。清代书院对士人日常教育的主要内容是儒学。从传播导向看,官方的训示规条、书院的学规、章程等规定了书院传播儒学的办学宗旨；从传播内容看,书院的教学内容中无论是程朱理学、经史考据之学,还是古文诗赋、时文制艺,都渗透了儒学思想；从传播途径看,清代书院儒学传播中重视祭祀,以之确立生徒的儒学信念,以优美的自然环境陶冶生徒的心灵,以亲密的师生关系化育生徒的德性,并通过藏书、刻书等方式培养生徒的自修精神、增进生徒的知识储备,从多种途径将生徒纳入到儒学的精神世界中。清代书院面向地方社会的儒学传播,几乎辐射到当时整个社会,影响了各个阶层的人员。清代书院讲会已非仅限于书院内的一种教学形式,常常扩展为地方性的学术聚会,对士人、民众开放,大大提升了书院儒学传播的影响；乡村书院主要开展启蒙教育,与义学、社学合流的乡村书院分布极广、数量可观,并与蒙学、乡约结合：扩大了教育面；蒙养育德、化民成俗；宣讲圣谕、彰善纠恶,在基层社会的儒学教化中发挥了重要作用；家族(宗祠)书院对宗族子弟的教育也是基层社会教化活动的重要方面,涉及到宗族祭祀、族谱刊印、宗族会与合家祠等宗族教化的多个领域。总之,从士人到乡民再到宗族内部,清代书院形成了一个巨大的面向地方社会的儒学传播网络。清代书院儒学传播对当时社会产生了广泛而深远的影响。首先,它对儒学自身的演变和发展起到了重要的推动作用,程朱理学、考据学在不同时期各领风骚,到晚清又形成了汉宋兼采的格局；其次,清代书院的儒学传播对当时士习民风也产生过重要的影响。士人群体中有身居高位的朝廷官僚,他们以经世济民为己任；有教书育人的学者,他们讲学研习,以传承儒家道统为己任；还有沉潜民间的儒士,直接面对民众施行社会教化。除士人之外,清代书院儒学传播对其它社会群体如乡绅、商绅、普通民众及一地学风民风也产生了重要的影响。再次,清代书院儒学传播还有力地促进了区域文化的兴盛,在书院儒学传播比较集中的地区,佛、道势力逐渐转为颓势；在边疆少数民族地区,儒家文化也逐渐深入到其中,改变着当地的民风民俗。晚清以降尤其是清朝末季,书院所呈现的制度化、官学化、层次化的特征表明清代书院儒学传播已经达到了历史的最高峰,但同时书院与儒学的种种弊端也渐趋突显,儒学已经无力抵抗以西学为中心的现代文明的强烈冲击。于是,清代书院与儒学传播最终都走向衰颓,深刻地展现了书院与儒学一体相关的命运。