狂犬病是一种致死率最高的人兽共患病,全球每年近5,9000人死于狂犬病,95%的病例经由病犬咬伤感染,其致命的病原为狂犬病病毒属病毒(LYSSA)。我国是人狂犬病疫情最高发的国家之一,2007报告病例数达3300例。国家采取综合防控措施后,疫情呈逐年下降趋势,2011年病例数降至2000例以下,2017年报告病例数516例。然而全国病例总数稳步降低的同时,狂犬病的流行范围却在不断扩大,至2015年我国大陆所有省区均有狂犬病病例报告,狂犬病的预防控制形势不容乐观。防控传染病的关键步骤即了解病原的遗传进化特征。本研究汇总我国所有狂犬病病毒流行株序列信息(GenBank,截止至2017年1月),建立包含714个毒株的“中国狂犬病病毒流行株基因数据库”,毒株来源涵盖我国大陆除海南岛之外的所有省区。通过构建N基因和G基因种系发生树,明确每个毒株的种群归属,从而进一步分析我国6个狂犬病病毒种群(China Ⅰ-Ⅵ)地域、宿主分布特征及不同省区流行的种群数量和类别,了解病原的流行分布特点和扩散趋势。依据目前较为全面的病原数据,China I群依然是我国的优势种群,毒株数量占到我国流行株总数的75%,分布范围已从2013年前的19省区扩散至25省区,不仅贯通南北,且已蔓延至东北的辽宁和西部的甘肃、宁夏,且有可能继续向东西部扩散。China Ⅲ群近年在内蒙古、新疆的野生动物中流行且溢出到家畜中。China Ⅳ则是新近有狂犬病病例报到的青海、西藏的流行种群,且流行于内蒙古、黑龙江的野生动物中。云南和湖南是我国大陆种群最丰富的省区,都有4个种群类型流行;河南、福建、贵州、广西、宁夏和内蒙古6个省区都是3个种群同时流行;东部的上海、江苏、浙江、山东、安徽、江西以及重庆和吉林8省区均有两个种群共存;北京、天津、河北、山西、陕西、甘肃、四川、新疆、青海、西藏、辽宁、黑龙江、湖北和广东14省区,目前只监测到单一种群流行。狂犬病病毒种群类型和流行特征的确立,不仅有利于病原分子水平的动态监测,还方便及时确认新种群的出现。2017年,西藏边境报告的1例狂犬病病例脑组织标本检测为阳性,经全基因组测序后种系发生分析显示,新毒株不属于我国已有6个种群中的任何一个,而是归属于主要在印度、尼泊尔流行的“印度次大陆群”(Indiansubcontinent),且与紧邻中尼边境的尼泊尔毒株亲缘关系最近。该群毒株首次在我国监测到,成为在我国境内流行的新种群,命名为China VII群。结合该病例是被当地流浪犬咬伤的背景,新种群的出现极有可能是尼泊尔毒株经由宿主犬穿越边境,扩散至我国境内的结果。另外,我国在全力防控犬狂犬病的同时,近年野生动物狂犬病日趋严重。而内蒙古境内同时有ChinaI、China III和ChinaIV这三个引起犬及野生动物狂犬病的重要毒株群的流行,结合其紧邻蒙古、俄罗斯,西接我国辽阔西部的地理分布特征及这些种群新近在宁夏、甘肃、新疆、青海、西藏出现的流行背景,推测内蒙古可能已成为我国狂犬病尤其是野生动物狂犬病播散的新疫源地,并可能会进一步影响西部狂犬病疫情的发生发展,因而,内蒙古应成为目前狂犬病优先重点防控的地区。以上分析结果提示,只有在全国范围内全面实行犬的管理和免疫,才能从根本上控制疫情的传播和扩散,而且同时应该加强边境动物的监测和管理,防止境外新病原的输入。野生动物狂犬病的监测也需要关注和加强,从源头上控制狂犬病的增殖和播散,为我国真正实现消除狂犬病的目标奠定坚实的基础。