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严重急性呼吸综合征(severe acute respiratory syndrome，SARS)，亦称传染性非典型肺炎，是一种新出现的急性呼吸道传染病。自2002年11月中旬广东省佛山市发现首宗病例以来，该病迅速蔓延到包括我国香港特别行政区和台湾地区、越南、新加坡、加拿大、德国在内的五大洲的33个国家及地区，至少在6个国家中发生了本地传播。由于此病传播速度快，人群普遍易感而且死亡率较高，已成为严重危害人类健康和生命安全的全球性流行性疾病。该病主要通过近距离飞沫和密切接触传播。主要临床特征为：发热、干咳、呼吸困难、淋巴细胞减少以及肺部影像学呈迅速进行性改变，上呼吸道症状并不显著，部分患者有腹泻症状，一些病人可因严重呼吸窘迫致呼吸衰竭而死亡。使用传统的抗生素治疗无效。在世界卫生组织(WHO)的协调下，全球9个国家13个实验室共同努力，仅用3周的时间就分离出病原体，并完成全基因组测序。2003年4月16日，WHO正式宣布一种以前未曾报道过的新的冠状病毒为导致SARS的病原体，并命名为SARS冠状病毒(SARS Coronavirus，SARS-CoV)。 SARS冠状病毒粒子呈球状，但具有多形性，其直径80～220nm，有包膜，包膜上有3种糖蛋白，分别为S蛋白(spike protein)、M蛋白(membrane protein)和E蛋白(envelope protein)。由S蛋白组成的突起长度为20nm，每个突起是由3个S蛋白通过非共价键连接而成。S蛋白有4个结构域：一个短的C末端构成包质域；一个跨膜区和两个包膜外域(分别称为S1和S2)。包质域富含保守的半胱氨酸残基，与S蛋白形成复杂的三级结构有关。跨膜区与S2蛋白相连，含有一段高度保守的序列KWPWYVWL。通常包质域和跨膜区在S蛋白中所占比例很小，大部分是由S1和S2构成的包膜外域。S蛋白三聚体具有多方面的功能，负责结合敏感细胞受体，诱导病毒包膜和细胞膜以及细胞之间的融合，刺激机体产生中和抗体和介导细胞免疫反应。 细胞毒T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte，CTL)在机体抵抗各类病毒感博士论文SARS冠状病毒S蛋白HLA一A*0 201限制性COS+T淋巴细胞表位的鉴定染和/或导致免疫病理损伤中起着极为重要的作用。淋巴细胞减少症 (lymPhoPenia)是SARS发病早期一个重要的临床症状。鉴于SARS侵袭了亚洲的许多国家和地区，且HLA，AZ阳性人群在亚洲人中所占比例很高(>50%)，因此，我们以S蛋白为靶标，联合使用CTL表位的远程预测，超基序方案，延展基序法及量化基序法，预测并合成了20条最有可能的HLA一A*0201限制性的CDS+T淋巴细胞候选表位，通过肤结合实验，筛选出与HLA一A*0201具有高亲和力的九肤，并对其免疫原性进行评价，发现SSp一1(SARS/S一derived pePtide一1，RLNEVAKNL)是一个可被细胞自然加工、递呈的免疫原性多肤。树突状细胞(dendritic cen，DC)在抗原肤体内外诱导细胞免疫应答中具有强有力的佐剂效应，以ssp一1体外致敏Dc，分别在HLA一A2.1服b转基因小鼠及健康人外周血淋巴细胞中诱导出了抗原特异性的、HLA一A*0201限制性的细胞毒T淋巴细胞:并且我们还构建了包含ssp一1的HLA一A*0201四聚体(SSp一l/HLA一A*0201 tetramer)，用于检测抗原肤特异性CTL的频率。SARS冠状病毒S蛋白来源的、HLA一A*O加1限制性的CDS+T淋巴细胞表位的鉴定，有助于研究CTL在SARS病毒控制和病理损伤中发挥的作用，对阐明SARS发病机制以及免疫干预治疗的研究均有重要的意义。第一部分SARS一COVS蛋白HLA一A*0 201限制性CDS+T淋巴细胞表位的预测及初步鉴定 随着分子生物学和分子免疫学技术的发展，尤其是计算机科学在生物医学中的广泛应用，目前己产生了多种CTL表位预测方案。我们以SARS病毒BJ01株基因组序列为基础，联合使用CTL表位的远程预测、超基序方案、延展基序法及量化基序法，预测了20个最有可能的HLA·A*0201限制性的CDS+T淋巴细胞候选表位，并通过肤结合实验对其进行了初步筛选。SARS一CoVS蛋白HLA一A*0201限制性CDS+T淋巴细胞表位的预测 通过美国国立卫生研究院生物信息及分子分析部(BIMAs) HLA肤结合预测网站‘http://b imas.dcrt.nih.gov/m olbio小la._bind/inde茸.html)，对SARS一CoV BJ01博士论文SARS冠状病毒S蛋白HLA·A*0 201限制性COS+T淋巴细胞表位的鉴定stl妞in(GenBank aceession number灯278488)的s蛋白进行T分析，选取预测SARS一CoVS抗原中HLA一A*0201/抗原肤复合物解离时间(Tl/2)最长的20个候选九肤，其序列分别为No.1 VVFLHVTYV(1042一1050)、No.2 RLQSLQTYV (982一990)、No，3 VLNDILSRL(958一966)、No.4 VLYENQKQI(897~905)、No.5 NLNESLIDL(1 174一1182)、No.6 LLLQYGSFC(734一742)、No.7KLPDDFMGC(411~419)、No.8 ILPDPLKPT(787一795)、No.9 MIFDNAFNC (151一159)、No.10 FIFLLFLTL(10~18)、No.ll VLYQDVNCT(596一604)、No.12 IITTDNTFV(1096一1 104)、No.13 RLNEVAKNL(1167、1175)、No.14LLTDDMIAA(846一854)、No.15 LLQYGSFCT(735、743)、No.16 ILLCCMTSC(1214一1222)、No.17 LLFNKVTLA(803一811)、No.18 TMNNKSQSV(106一114)、No.19 ALNTLVKQL(940一948)、No.ZO ELCDNPFFA(131一139)。 所预测?