以我国重要的淡水经济虾类日本沼虾(Macrobrachium nipponense)的广西、太湖、安徽淮南、浙江丽水和浙江养殖5个群体为研究对象,运用多元统计分析方法、DNA测序和PCR-RFLP标记技术从形态学和分子遗传学对其进行系统地比较研究,从不同层面揭示日本沼虾各群体的遗传背景及相互关系,以期为其种质资源的合理开发利用和人工养殖的可持续发展提供参考依据。一、日本沼虾5个群体形态差异及判别应用聚类分析、主成分分析和判别分析三种多元分析方法,比较研究日本沼虾5个不同群体间的形态差异。聚类分析结果表明,太湖群体与安徽淮南、养殖、浙江丽水群体之间的形态差异依次增大,广西群体与这四个群体的形态差异最大,独立成为一支。利用逐步判别建立的群体判别函数,对五个不同群体的综合判别准确率均达到100%。主成分分析中,选用了方差贡献率较大的2个主成分,主成分(1)代表了日本沼虾腹部、头胸甲和第二步足等指标,主成分(2)代表了体长、额剑和尾部等形态特征,它们的累积贡献率分别为75.384%和83.012%。主成分分析图上,太湖、安徽淮南和浙江丽水三群体重叠较多,难以区分开;养殖群体与这三个群体有一定的差异,可以区分开来;广西群体明显区别于以上四个群体。三种多元分析方法从不同角度反映了日本沼虾群体间形态上的差异,其中广西群体与其他四个群体的形态差异显著,用逐步判别的方法可以有效地鉴别日本沼虾群体的来源。二、日本沼虾5个群体的遗传结构研究使用线粒体COI基因片段序列和线粒体D-loop区的PCR-RFLP标记技术,对日本沼虾5个群体的遗传结构进行比较分析。COI基因片段序列结果显示,广西、太湖和浙江丽水群体的遗传多样性较高,PCR-RFLP的结果则显示广西、安徽淮南和浙江丽水群体的遗传多样性较高,两种标记方法均显示养殖群体的遗传多样性较低;遗传距离的结果显示,太湖、安徽淮南和养殖群体之间的亲缘关系最近,浙江丽水群体与其亲缘关系次远,而广西群体与这三个群体的亲缘关系最远;聚类图显示,太湖、安徽淮南和养殖群体聚为一支,浙江丽水和广西群体聚为一支;分子变异分析(AMOVA)结果表明,日本沼虾5个群体间存在着极大的遗传分化。线粒体COI基因序列的研究能够直接揭示物种的遗传变异,但是该技术相对耗时,花费也较高。因此在无相关DNA序列信息的情况下,线粒体D-loop区的PCR-RFLP不失为一个非常有效的检测群体遗传变异的分子标记。三、日本沼虾5个群体形态学与遗传结构研究结果的比较比较日本沼虾5个群体的形态学和遗传结构的研究结果,发现仅在浙江丽水群体与其它四个群体的亲缘关系上稍有不同:形态学结果认为浙江丽水群体与太湖等三群体亲缘关系较近,而遗传学结果则认为其与广西群体亲缘关系较近。两方面的结果均表明:太湖、安徽淮南和养殖群体的亲缘关系最近,广西群体与这三个群体的亲缘关系最远;日本沼虾5个群体之间已产生了明显的分化。