随着我国工业化、城镇化快速推进,土地供求矛盾日益凸显。改革开放以来形成的城乡二元土地结构严重制约着我国经济的转型。在造成当前经济粗放式增长、生态环境退化、征地问题频出的众多因素中,不合理的农地非农化制度安排和不完善的用途转换机制是主要原因。农地非农化是城镇化的必然路径选择,而当前我国农地非农化唯一合法途径是行政性的“征地”制度,实践证明它已成为诸多社会问题的根源,必须进行机制转换和制度创新才能实现经济发展方式的转变。本文以城镇化进程中农地非农化机制转换为逻辑起点,探究当前我国农地资源非农化配置的机制是什么?在此机制下农地非农化配置的效率如何?为了提高现行农地非农化机制的配置效率和社会福利需要怎样的农地非农化机制转换和制度创新?如何以制度创新的方式保障新机制及其市场制度的有效运转?本文遵循着这一逻辑,对城镇化进程中农地非农化机制转换和制度创新展开深入研究。城镇化是新一轮改革的源动力,农地非农化制度创新是城镇化的制度红利。本文在借鉴国外已经完成城镇化的市场经济国家农地非农化经验的基础上,借鉴国外市场经济国家农地资源非农化市场化配置的经验和国内部分地区试点经验,通过比较分析当前我国农地资源配置效率和福利损失,将农地非农化机制转换的制度安排纳入制度分析的范畴。一方面尝试找出影响农地非农化的相关因素并以构建城乡统一的土地市场为目的,从城乡之间农地权能一致性和要素有效配置的角度对农地非农化问题进行制度创新和农地征用机制重构；另一方面利用2000-2010年相关数据构建模型实证分析证明政府主导的“土地财政”是农地过度非农化的主要原因,进而提出“集体主导,政府监管”的模式是城镇化进程中农地非农化机制转换的方向,并就农地配置由计划机制向科学的市场机制转化进行了实证研究。最后本文提出科学的宏观调控机制、正式的农地非农化制度创新、户籍制度改革、完善农地征收补偿监管制度等制度创新保障农地非农化市场机制有效转换。