公检法三机关在刑事诉讼中的关系被法定为分工负责、互相配合、互相制约。这种关系由于得到宪法的确认而成为一项公认的宪法性刑事诉讼基本原则。然而,在实践中这种所谓的有机的结合的关系并没有发挥出应有的作用。相反,以这种基本原则指导下产生的“流水式”诉讼作业模式不能体现刑事诉讼规律,且与实现司法公正价值的机制冲突,浪费诉讼资源,破坏法院中立,加剧控辩不平衡,并有可能成为不依法办案的借口,对保护人权不利,应当从基本原则中予以取消,并根据刑事诉讼的客观规律重新构造三者关系。针对目前公检法三机关相互关系存在的缺陷,笔者提出三者关系应当在遵循诉讼规律的前提下重构,提出我国公检法三机关关系调整的目标应以追求司法公正为价值取向。首先要确立统一的审判前程序,使审判前程序显现出刑事追诉一体化和司法控制的一体化,以达到权利保护和提高效率、节约成本的的目。其次要形成“以司法裁判为中心”的诉讼格局,应当赋予法院“最终裁判者”的权威地位,使其能够对刑事诉讼过程中存在公检法三机关各行其是、分散行使权力的局面加以改变。第三是要改变检察机关“法律监督者”的地位,以有效淡化超职权主义诉讼色彩,均衡控辩双方力量,真正确立以审判为中心的诉讼构造,使公检法三家关系回归到应然的位置上来,才可能真正实现诉讼目的。第四是强化辩护方的权利,赋予辩护方能基本与公安、检察作为控方的基本能相对应的诉讼权利,以规制控方权力,在公检和法院之间设置隔离,阻断其配合或协调的机制,使法院和法官在刑事诉讼中处于超然中立的地位,破除影响裁判公正的因素,真正体现公正司法的价值。