长牡蛎(Crassostrea gigas)是我国的一种重要的经济贝类。之前研究发现长牡蛎闭壳肌痕和贝壳外表面的颜色不一,主要是黑色素的沉积不同所致。但黑色素在闭壳肌痕与贝壳外表面具体的沉积模式与机制并不知晓。前期研究对长牡蛎贝壳外表面和对应闭壳肌痕的表征进行观察与数据统计,发现同一长牡蛎闭壳肌痕与贝壳外表面的颜色没有相关性。本研究通过转录组测序和荧光定量技术对长牡蛎贝壳外表面和闭壳肌痕的着色模式进行了分子机制研究,并通过统计分析结合生理指标检测,分析长牡蛎不同部位黑色素沉积情况对长牡蛎软体部干重的影响。主要结果如下:1、研究表明相对于白色闭壳肌痕的长牡蛎,闭壳肌痕颜色为黑色的长牡蛎具有更大的软体部干重,并证明黑色闭壳肌痕对应的闭壳肌具有更强的清除羟自由基的能力。提出了黑色闭壳肌痕对应的闭壳肌含有较多的黑色素,黑色素具有抗氧化清除自由基的功能,因此可以减少闭壳肌的氧化损伤,保证了长牡蛎的滤食时间,从而加快了长牡蛎生长速度的观点。2、对长牡蛎白色闭壳肌痕对应的闭壳肌、黑色闭壳肌痕对应的闭壳肌、白色外壳对应的白色外套膜、黑色外壳对应的白色外套膜四种组织样品进行转录组测序。通过分析不同样品的基因表达模式。发现视黄酸代谢过程可能参与长牡蛎贝壳外表面和闭壳肌痕黑色素的沉积,并推测出了长牡蛎体内视黄酸对黑色素生成影响的代谢通路。3、转录组数据分析结合荧光定量数据分析表明酪氨酸酶、视黄醛脱氢酶、细胞色素P450三个基因家族均与长牡蛎黑色素的沉积密切相关,且3个家族中的不同家族成员分别独立参与长牡蛎贝壳外表面和闭壳肌痕黑色素的沉积,为贝壳外表面和闭壳肌痕着色独立性的分子机制给予了一定解释。