区域治理体系和治理能力现代化是国家治理体系和治理能力现代化的重要组成部分。伴随着《粤港澳大湾区发展规划纲要》的出台,粤港澳大湾区建设作为国家重大战略将成为新时代推动我国进一步全面对外开放的新引擎。在“一国两制、三种法律体系、三个关税区和四个核心城市”的特殊背景下,城市政府间如何打破行政壁垒、弥合制度差异,深化内部分工与合作,携手打造国际一流湾区和世界级城市群,成为我国区域协调发展进程中亟待解决的重要课题。本文通过运用文献分析法、案例分析法和比较研究法等研究方法,首先从粤港澳大湾区跨境府际协作的文献综述入手,廓清相关核心概念,阐明涉及到的理论分析框架;其次,细梳粤港澳大湾区跨境府际协作的历史演进逻辑和现实境况,并进一步结合制度性集体行动理论(ICA)对这一跨境府际协作的影响因素进行剖析,建构运行机理模型;再次,对粤港澳大湾区跨境府际协作现存的深层次问题及成因进行探析;最后,在借鉴国际三大湾区府际协作实践经验的基础上,提出了从“凝聚共识—互联互通—制度保障”三个维度创新粤港澳大湾区跨境府际间整体性协作治理机制的对策建议。