香港行政长官制度是香港特别行政区在“一国两制”体制下的一项重要政治制度。根据《中华人民共和国香港特别行政区基本法》（以下简称《香港基本法》或《基本法》）的原则设置与政制要求，一般认为香港的政治体制是“行政主导制”，行政长官是政治体制的核心与重要领导。但是从香港回归后至今，从目前香港政制的发展情况来看，行政长官制度并没有很好地按照《基本法》制定的初衷发挥其应有的作用，造成香港社会政治出现混乱的局面。香港行政长官制度造成实施不顺的原因有很多，从国内外的大背景方面来说，香港作为殖民地受英国统治的影响，深深地印上了资本主义的烙印。回归之后，中国大陆的体系不能完全适用于香港，为解决这个问题，《基本法》的设置无疑是及时到位的，但仅由这些制度也并不能使香港社会乃至民众完全顺应中央的意思。行政长官既是香港特别行政区的首长，其当选又要通过中央的任命，这样的特殊地位也造成了行政长官施政面临的特殊困境。从目前香港政制的实际情况来看，行政长官执政艰难大部分是由香港立法会方面带来的阻碍，以及相关司法机关方面的影响，加之香港各党派之间的纷争，各利益团体的夺权，当然也包括行政长官自身及香港政府和行政会议方面的原因等等，这些都使香港行政长官施政严重受挫。本文从香港行政长官制度在实际运行中面临的困难思考入手，全文共分四个大部分。第一部分是香港特别行政区行政长官制度的发展脉络，从香港行政长官制度产生的历史渊源开始，分析《基本法》框架下行政长官制度的产生；第二、三部分主要研究香港特别行政区行政长官制度的法律地位，不同的是，第二章着重分析行政长官制度与中央政府的关系，在一国两制的体制下行政长官应发挥何种作用；而第三章主要分析香港行政长官制度与香港各机构的关系，包括与行政会议、与立法司法方面等。在厘清上述重要关系的基础上，文章第四部分是重点所在，通过香港行政长官制度运行的实证研究，找出问题的症结所在，深入分析内在原因，并指出相应的对策。通过此文章，笔者认为香港行政长官制度在目前存在的问题都是暂时的，并不能阻碍香港政制发展的大趋势，若能稳步解决各项问题，定能真正地发挥《基本法》所赋予行政长官制度的历史使命，进而繁荣稳定香港特区的政局。