近年来,中央一号文件始终将“三农”问题作为重点关注的对象,多次提出要加快建立及完善农民专业合作社法人治理结构。自2017年《农民专业合作社法》修订颁布以来,针对农民专业合作社的做出了较大的诸如取消了“同类限制”、允许联合社等。但针对合作社的法人机构相关并未做出实质性的修改。在实践中发现农民专业合作社的法人治理结构基本模仿有限责任公司的设置式样,但基于人合性与资合性的不同以及合作社自身天然具备的福利及社会稳定功能,以营利为目的的公司法人治理结构在套用到农民专业合作社这一特殊主体中致使出现异化便不足为奇。本文同样遵循传统的三分法:提出问题—分析缘由—给出对策,在相关理论概念的铺垫下,通过走访部分周边农民专业合作社,在访谈中发现问题,思考对策。具体而言,第一部分除研究意义方法外,主要做出一些概念性和理论性的铺垫包括农民专业合作社的类型介绍,这里主要解释了农民专业合作社与法人治理的概念基础,接着交代了产权的权利界定,产权归属明确是保证农民专业合作社内部交易费用合理化和减少外部法律风险的基石。在此基础上,通过阐释所有权和经营权切分与治理和基于契约的委托关系来为后文引出农民专业合作社可以套用但必须与有限责任公司成员大会、理事会和监事会进行必要的区分。第二部分首先对农民专业合作社进行了法律和政策的梳理,分析出较为具备前瞻和成熟的法人治理规范和建议;其次结合当前理论来阐释合作社法人机构应然的状态与法律政策的契合度并从规范分析的角度发现立法问题。第三部分主要通过事实考察来针对在实际的访谈考察中发现的问题诸如权力机构存在的虚置、执行机构存在的激励机制缺乏以及监督机构存在的设置缺位等等。在对问题的分析中,围绕赋权安排本文提出权利的适位诸如成员异议权类似的权利增删;围绕权利配置,本文提出了诸如法定职能与意定职能结合的立法模式等等。