人类基因组计划的完成和大量基因组序列的公布,为人类认识自身、掌握生老病死规律、诊断和治疗疾病、认识疾病产生机制、以及了解生命的起源开辟了道路并提供了科学依据。其中,与疾病相关基因组序列的发现,让应用基因序列作为材料的分子诊断技术得到空前发展,现已成为疾病诊断领域的最常用方法。而基于分子诊断技术的全自动化诊断仪器,更是以其在大批量、高效率样本检测,并且能实现集样品制备、样品预处理、靶分子富集或扩增、目标物信号检测以及后期的实验结果数据分析于一体等方面的独特优势,占据着疾病诊断和治疗领域的领导地位。本文在分析一些国内外先进的分子诊断仪器设备的基础上,结合自己实验室的实验条件和实际需求,设计并开发了一款应用于全自动分子诊断类仪器的上位机软件。本论文的主要内容包括：首先,根据应用需求确定整个上位机软件系统的整体框架和主要功能模块,并把主要功能模块划分为登录模块、数据管理模块、实验设计模块以及场景模拟模块；其次,针对各个功能模块设计实现流程和相关功能类库；再次,完成整个系统的人机交互界面设计,包括登陆界面、功能选择界面、实验设计界面、场景模拟界面等主要界面的设计,以及为实现特殊功能所需的自定义控件的设计；最后,完成各个模块以及整个上位机系统的代码设计与编写,以及为实现用户和项目数据管理的数据库的设计。本系统用户界面友好、交互性强、使用方便,通过完成对各个功能模块的测试,以及通过稀释实验完成对整个系统性能的测试和验证,表明本上位机软件系统能很好地完成所需功能并满足技术要求,为下一步应用到全自动分子诊断类仪器设备中奠定了基础。