本文运用新制度经济学的基本工具和范畴，研究我国农村信用合作社制度的历史变迁和改革。 首先，对农村信用合作社的制度变迁进行历史考察。农村信用合作社的制度安排在组建初期具有明显的合作制特征，但是，在合作化运动后期尤其是人民公社体制时期，由于政府的介入，农村信用合作社的自愿原则变为行政命令，互助原则变为执行国家的经济政策，自我管理变为行政干部管理，民主管理让位于行政控制。自此，农村信用合作社走上行政控制的道路。政府对农村信用合作社的行政控制导致其制度变迁具有强烈的行政依赖特征。 研究了农村信用合作社的产权制度。作为农村信用合作社的社员，享有按照“一人一票”的表决权，有选举或被选举理事、监事权，“入社自愿、退社自由”的权利，享有利润返还的权利，对公积金的共有产权等。但经过合作化运动和人民公社体制改造后，农村信用合作社以个人为基础的产权变成了集体产权。改革开放后，政府对农村信用合作社进行了从集体产权还原为个人产权的改革，但改革的收效甚微，原因在于农村信用合作社产权主体虚置、所有权不清晰、收益权和交易权残缺等。为改变农村信用合作社产权存在的系列问题，必须对农村信用合作社现有产权制度进行改革。本文比较了农村信用合作社产权制度改革的股份制、股份合作制、合作制、政策银行四种目标模式，认为股份制具有明显的制度优势，应成为农村信用合作社改革的终极目标。 研究了农村信用合作社的治理结构。目前，农村信用合作社普遍进行了以社员(代表)大会、理事会、监事会为主要内容的治理结构建设，但农村信用合作社治理结构建设流于形式，没有真正发挥所有者的监督作用，这主要是因为农村信用合作社治理结构存在产权残缺、股权过于分散和庞大、外部治理市场失效等问题。本文认为，要改变农村信用合作社治理结构中存在的问题，就需要建立起真正的资本所有者委托下的代理激励约束机制，并建立相应的制度安排来保障委托人的利益。本文研究了农村信用合作社的管理体制。农村信用合作社的管理体制具有自上而下的行政控制、外部人干预下的内部人控制、“条块结合”式的分权与制衡等特征，造成农村信用合作社这些特征的主要原因在于国家对农村信用合作社的行政干预。为改变农村信用合作社管理体制存在的行政干预、监管职责不分、多元管理目标的冲突等问题，就需要对农村信用合作社管理体制进行改革。在中央政府承担对农村信用合作社担保责任的情况下，对农村信用合作社进行改革的动力只能来自于中央政府。然而，中央政府在推进农村信用合作社管理体制改革的进程中，出现管理体制改革目标的多元性和冲突性问题。本文认为，为解决中央政府对农村信用合作社管理体制改革中出现管理目标的多元性和冲突性问题，政府必须退出对农村信用合作社的管理，将对农村信用合作社的控制权交由真正的资本所有者行使。在这种情况下，省农村信用合作社联合社就面临转变为农村金融监管局，或转变为服务型金融机构，或取消法人资格的三种可能。 对国外农村合作金融进行了研究。通过对美国、德国、法国、日本四个发达国家农村合作金融实践的研究，归纳出其农村合作金融发展的特点。本文认为，要发展我国真正的农村信用合作组织，就必须借鉴他们的成功经验，将农村合作金融建立在明晰的私有产权基础之上，合作社的制度设计应与社员的专业知识相匹配，合作金融制度应与我国制度环境相兼容，政府对农村合作金融进行扶持而不是控制，建立政府监督与农村合作金融组织行业协会审计组成的风险控制体系等。 最后，提出了深化农村信用合作社改革的政策建议。本文认为，在坚持平等的国民待遇原则、实事求是和尊重农民的自愿选择和权利的指导思想下，通过取消资格股、取消公积金积累制度、取消对股权持股限额的限制和组建社区的产权流转市场来完善农村信用合作社的产权制度；通过彻底消化农村信用合作社的历史包袱、在国家政策扶持下实现农村信用合作社的自我生存、解除国家对农村信用合作社承担的担保责任、建立财政支农补偿基金等来完善农村信用合作社的治理结构；通过规范政府行为、取消党委对农村信用合作社人事任命的控制权等来完善农村信用合作社的管理体制。此外，还应推行金融深化的政策和加快对民间金融的立法保护来为农村信用合作社的改革创造一个宽松的制度环境。